在黑客帝国2中，尼奥没有按照设计师的预想选择去拯救锡安，而是选择了拯救自己的爱人，虽然打破了过去的累积异常，毁灭再更新版本的循环，却使锡安面临灭顶之灾。
如果多达25万之多的机器人哨兵大军攻入人类城市锡安，人类将没有任何生存的机会，这将是一边倒的大屠杀。
如果尼奥选择随着飞船回去拯救锡安，其实于事无补。这次，尼奥选择直闯机器世界的核心。因为他从先知嘴里知道，他的对手史密斯，其实是他自己的另一面。史密斯被尼奥在第1部中杀死，他的残余代码本应该被系统清除掉。但由于系统的bug，史密斯变成了类似病毒的东西，可以无限自我复制。
而实际上，史密斯的这种无限自我复制，导致的系统异常将会使系统不堪重负，最终失去平衡而崩溃。
先知也明白这一点，甚至为了最终的结果，牺牲自己，让自己被史密斯同化，史斯密斯变得更加强大。
尼奥也明白这一点。在闯入机器世界的核心后，以消灭史密斯，避免机器世界崩溃为条件，换取机器世界与人类世界和平共处实现两个世界的稳定平衡。最终尼奥选择被史密斯同化。当史密斯消灭了自己的对手，阴阳两极失去一极，史密斯自己也失去了存在的基础，因而也随着尼奥的牺牲而毁灭。
黑客帝国3告诉我们，大道至简，阴阳平衡。任何事物都会有它的对立面，对立面的消失会导致自己失去存在基础。
接受了阴阳平衡，阴阳共存的观念，我们再来看阴阳两方之间的博弈时，看到的就不再是简单的对错，不再是坏人欺负好人，也不再简单是好人战胜坏人，而是道。
因此，国与国之间人与人之间都要接纳和包容他人与自己的不同，不要追求以斗争消灭对方的存在，要通过和平的手段实现和谐共处，以对方为师，以对方为镜，互相学习，取长补短，共同发展。
墨菲斯不知道未来，但他选择相信。先知其实也不知道未来，但她也选择相信。尼奥不知道结局，但他选择相信。他们共同的信念都是，不论结局如何，都勇敢地面对，选择真诚地追随内心而行动。
