16s rRNA结构
大体结构如下：
摘自联川生物
不同物种高变区域起始和终止位置稍有不同。
16s rRNA二级和三级结构，doi: 10.1186/s12859-016-0992-y
16s rRNA序列提取
根据gff，基因类型只保留rRNA，剔除exon和CDS。github找到一个脚本.
16S rRNA预测工具barrnap.
注意16s rRNA多拷贝问题。
提取高变区
16S rRNA高变区计算参考doi: 10.1016/j.mimet.2007.02.005。文章大意是下载target species所有16S rRNA序列进行ClustalW多比对。
