相信很多小伙伴在看miRNA相关的paper中都看到过如下图所示的miRNA成熟体序列和靶基因的序列比对结果。
那么这样的比对结果是怎么来的呢？我们知道很多miRNA-target之间的结合都是根据序列互补配对预测出来的，因此每一个结合位点都应该能得到一个类似于上图的比对结果。
前面小编也给大家介绍过miRNA与靶基因结合的几种方式，具体可以参考前面的文章
☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇
其实这张示意图，就是miRNA-target序列比对结果示意图了。接下来小编给大家演示一下，怎么从公共数据库中获取这些序列比对的信息。
1.miRNA-mRNA
我们使用Targetscan这个数据库来获取miRNA-mRNA之间的序列比对图。
1.1 打开Targetscan数据库网站http://www.targetscan.org/vert_72/输入要查找的miRNA或者基因名字。关于这个数据库的详细视频介绍可以参考
☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
1.2 找到感兴趣的基因，点击Sites in UTR
1.3 截图保存，miRNA-target序列比对信息
2.miRNA-lnRNA我们使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-lncRNA之间的序列比对图。ENCORI这个数据库我们前面已经做过了很详细的介绍☞RNA相互作用神器——ENCORI☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇☞R下载合并ENCORI RBP（RNA binding protein）靶基因数据☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
2.1 打开ENCORI数据库，选择miRNA-lncRNA
2.2 输入感兴趣的miRNA的名字，点击搜索。就可以得到miRNA-lncRNA之间的序列比对图了。
3.miRNA-circRNA我们同样使用ENCORI这个数据库来获取miRNA-circRNA之间的序列比对图。
3.1 打开ENCORI数据库，选择miRNA-circRNA
3.2 输入感兴趣的miRNA的名字，点击搜索。就可以得到miRNA-circRNA之间的序列比对图了
