注:记得先备份你的项目
1.Xcode -> Preferences

2.Locations -> 点击下边小箭头

3.删除DerivedData目录下的所有文件

4.Sources Control -> Refresh Status

5.Sources Control -> Commit

6.将左边的文件全选 -> 随便输入一下说明 -> Commit

7.重复步骤4-6,直到第六步左边没有文件为止。
8.boom!你会发现警告已经没了!
参考:http://stackoverflow.com/questions/37972728/swift-3-xcode-8-upgrade-100s-of-deriveddata-files-missing-from-working-copy