斩毛文龙后，袁崇焕自己上奏，揽下斩毛文龙的事，而崇祯即回旨，说袁崇焕之前，是已奉明纶，不是奉明纶。
崇祯回旨，说你袁崇焕【具疏待罪】，但之前是【已奉明纶】的，所以，你袁崇焕【仍着安心任事】。
《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖七年八月八日：“【原不中制, 具疏待罪, 已奉明綸, 仍着安心任事, 一切善後事宜, 委任道將料理】。”
《崇祯长编》：“壬申，谕兵部朕：以边事付督师袁崇焕，阃外军机听以便宜从事。
自是行军纪律，【具疏待罪，已奉明纶】。一切善后事宜委任道将，仍榜示东江各岛，元恶既正典刑，逆节尚未及发，姑从宽议。”
斩杀毛文龙，崇祯自己公开说：“已奉明綸， 仍着安心任事。”
当时，宋鸣梧都是公开了。
兵科给事中宋鸣梧题本...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今阁枢机密口笼，牵之而西，督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣.(明清甲编叶七二三)
袁崇焕下狱后，钱龙锡为了与袁崇焕划清界限，暗言之中，供出崇祯与韩爌指示杀毛文龙，原抱奇得知韩爌也有份，弹奏韩爌与袁通谋误国，
而崇祯即一口咬定，就是钱龙锡与袁崇焕两人干的，韩爌借机告老还乡，崇祯准韩爌辞官归籍，保下韩爌，最后，斩毛之事，全扔给袁崇焕一人了。
“华亭（钱龙锡）又大发大议论暗刺蒲州（韩爌） 蒲州遂从此注藉去志决矣”。——《公槐集》
《北使纪略》：“初六日，命备酒席，督师亲诣文龙棺前拜祭云：昨日我奉皇上命斩你，是朝廷法；今日祭你，是本部院情。遂下泪，各官将俱下泪感叹。”
《公槐集》卷3《讲帷记注》，崇祯二年四月十七，姚希孟时为讲官，讲读毕，崇祯召“辅臣曁兵部尚书王洽议东江事，它人莫得闻”。
袁崇焕下狱，钱龙锡上奏，说得意思很明了，杀毛文龙你崇祯是主谋，斩毛后，韩鑛、次辅李标和我一起阅读，袁崇焕说问过我，说我低徊一语，我本人欲想专门写一封奏疏，辩明此事，我就本来就是无心的，毛文龙的功罪，举朝都是共知的，首辅拟好诏书了，我再上疏，岂不是与你崇祯的圣意相混杂了，却还会横生枝节，所以，坦然心里很安定，没有顾虑的置之不理。
“传到阁部，臣与首辅韩鑛、次辅李标一起阅读，发现其上面有‘龙锡低徊一语’，臣本欲专门写一封奏疏辩明此事，转念当时臣之应答本无心，而毛文龙之功罪举朝共知，首辅已拟诏书稳定东江军心，臣若写这样一封奏疏岂不是与圣意相混却又横生枝节？所以才坦然置之不理。”——《崇祯长编》
《崇祯朝野纪》：“奴骑既退，中书原抱奇遂出疏参首辅与袁崇焕通谋误国，左庶子丁进以升转愆期，亦出弹章，工部主事李逢申继之;蒲州遂请告回籍”。
斩杀毛文龙，崇祯回旨，说袁是已奉明纶的，但之后，崇祯又不认了，还说钱龙锡没跟他奏过一书一字，就咬定是钱龙锡与袁崇二人干的，不关他与韩爌的事，原抱奇弹奏韩爌，崇祯保下韩爌。
“龙锡以近密重臣暗结边逆 谋款斩帅 曾无一字奏朕 欺君致寇 戕害生灵 死有余辜”。《草疏》
“崇祯三年九月 锦衣衞佥书都指挥使张道濬疏紏钱龙锡主张罪督袁崇焕斩帅讲欵并及文震孟毛羽健诬罔奸欺之罪帝谓朋比欺罔者自有裁处文震孟不必苛求。”
《东林列传》：“日众会袁崇焕已杀毛文龙议者皆以为功……原抱奇露章劾爌上虽薄抱奇而心是其言爌遂乞休疏再上驰驿归十七年正月流贼渡河破蒲州愤郁而卒年八十矣”。
袁崇焕死后，毛文龙还是汉奸罪臣。
崇祯二年六月十八日，奉圣旨：毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，【且通夷有迹】，犄角无资，掣肘贫碍。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照勒谕行，仍听相机行。 ——《崇祯长编》
“原任东江游击周文煌疏请毛文龙恤典，戊申，吏部奏言：『皇上命汰冗员，臣以为莫先於清廕。两京三品以上及疆埸大吏例廕其子，念其祖父劳勩也；乃父兄罪削，子弟恩廕如故。夫廕以酬劳臣，非恤罪臣也。宜命验封司清核，以杜侥幸』。上是之，夺毛文龙世廕，毛云龙除名。”——《崇祯实录》
南明之时，有人为毛文龙诵冤，但无人敢为毛文龙翻案，你们口口声声说袁崇焕个人擅杀的，为什么不为毛翻案？崇祯背后指示的，谁敢为毛文龙翻案？
张国维（明末时官至兵部尚书，顺治二年拥立鲁王监国，以死殉国）《张忠敏公遗集》：
“毛帅撑东北之半壁，内外震声，文墨吏忌，而阴谋死于非命，至今廷议诵冤。”
为毛文龙翻案，就是否定崇祯指示杀毛文龙，是错的，明末一些文人，将钱龙锡与袁崇焕，暗指成秦桧，意思非常明了，就是暗指崇祯是赵构，是崇祯指示钱龙锡与袁崇焕斩杀毛文龙的。
问题，毛文龙本人就是崇祯认定的汉奸罪臣，还有，毛文龙本人就与皇太极暗中勾结，暗藏夷使王子登。
毛文龙与后金王子登共谋，毛文龙被崇祯、内阁、袁崇焕合谋诛杀后，王子登又与毛文龙旧将密谋，崇祯五年，公开宣布抗明。
《满文老档》：“王子登即於九月二十一日起行，二十九日抵皮岛。抵达之後，毛都督以绸缎、银牌、衣帽赏之，并即奏於明帝，对以总兵官之职，朝夕共同议事。”
崇祯长编，崇祯五年十二月：
“山东抚按朱大典（奏），初毛承禄守水城，孔有德守大南城，耿仲明守大城西，李九成守大城东，九成死，以王子登代之，城中衢路不许山东人及南人往还。”
崇祯元年五月，皇太极犯锦州，毛文龙不去牵制，八月，皇太极征蒙古，犯黄泥洼，毛文龙不仅不去牵制，反而以飘风为由，称兵登莱，导致孙国桢直接被罢职。
《满文老档》：天聪二年八月，初七日，汗御殿，赐奈曼部贝勒洪巴图鲁号为达尔汉，扎鲁特部台吉喀巴海号为卫徵。赐号之缘故，即洪巴图鲁、喀巴海台吉以察哈尔汗不道，欲依傍天聪汗，俱来归附。後出征察哈尔阿喇克绰特部，杀其台吉噶儿图，俘获人口七百，以所获献汗。
“更有異者文龍近以漂風為名突至登州夏家疃上岸續到多舡見在登萊沿海窺探不知意欲何為。”——《崇祯长编》崇祯元年八月
《国榷》：“崇祯元年八月，庚戍，贱虏犯黄泥洼。袁崇焕令总兵官祖大寿击却之，斩百八十级，获骡马二十。”
“八月丁未，清兵攻黄泥洼，袁崇焕令总兵官祖大寿御之。”—— 《崇祯实录》
“兵科給事中許譽卿劾毛文龍擅離汛地潛入登萊責令據寔回奏從之”。——《崇祯长编》崇祯元年八月
“前锋总兵祖大寿战于黄泥洼，以捷闻”。——《崇祯长编》
崇祯元年九月，瞿式耜就弹奏毛文龙，一言即中，
崇祯元年九月十二日，户科给事中瞿式耜在所上《端用人之源疏》中说：“……而毛帅之设，为牵制虏酋也。试观文龙在海外数年，糜费朝廷数百万金钱，曾有一缕之功在封疆乎？曾有一旅之师蹑虏之尾乎？曾有一奇之出间虏之心腹乎？而日报捷音之鬼语,屡献自降之俘卒，杀戮无辜，诳欺君父。”
户科给事中瞿式耜弹劾孙国桢袒护毛文龙：“至以同乡故暱比毛文龙，一如俞咨辜受其馈献，殆无虚月，任文龙冒饷欺君，即如擅离皮岛，闹入登镇，此军机重事，何不入告，仅以一二塘报涂饰中外耳目，岂香火情重，封疆念轻，知参貂之饵而不顾猫鼠之眠耶？登莱何地，可令贪黩之夫滥节旄也”。孙国桢遂被罢，后名列逆案。（《忠宣公集》卷2掖垣疏草《先剔遗奸疏》）
还有人拿后金的反间，说袁杀毛文龙，当时，袁崇焕是得知毛文龙通敌之言，是公开请旨剿灭毛文龙，而崇祯不同意，
使宁远闻知，又疑毛文龙交通我国，叫他自相猜疑，彼果中我反间之计，不待动兵，而我坐取胜矣”。（《明清档案存真选辑第三辑》，天聪二年十一月厢边红旗备御祝世胤俯陈末议奏本）
申悦道《朝天闻见事件启》崇祯元年十一月十六日也载：“闻袁军门题本以为毛帅反形已具，请及时剿灭”云。
崇祯没有明旨回旨给袁崇焕公开剿灭毛文龙，如果真有袁中反间，早在崇祯元年十一月至十二月左右期间，就请旨公开，去剿灭毛文龙了，恰恰是崇祯与内阁受机密给袁崇焕，暗中布置兵力，斩杀毛文龙的。
“毛帅受朝廷委寄，赐便宜甚重，一旦书生奉政府意，出片言立死军前。”——清·尚可喜，《平南王元功垂范》卷3。
毛文龙老乡王思任写信给茅元仪，并不怪罪袁崇焕，而特指背后之人，说谁教袁崇焕干的，信中称：“顷见袁督师赚杀毛帅，此朱亥伎俩也，谁为画此策者？——（王思任《简茅止生》）
兵科给事中宋鸣梧题本...总兵毛文龙，越居皮岛，志怀跋扈，两窥登州，疏语悖诞；按之则恐激叛，听之则实养口，今阁枢机密口笼，牵之而西，督师袁崇焕奉皇上威灵，立斩此弁，隐忧涫矣.(明清甲编叶七二三)
后来，才有何可纲说的一段话：中军何可刚曰：“是谓三不幸。”崇焕问之。曰：“生文龙，不幸；用文龙，朝廷不幸；杀文龙，公不幸。“——《崇祯遗录》
崇祯之前给袁崇焕定的罪，后来，崇祯自己就推翻了，袁之前的罪，是莫须有的，是假的，崇祯自己都知道袁崇焕是冤的。
为了卢象升，怕流言四起，再重蹈袁崇焕死之祸的覆辙，崇祯下旨，再有祸害袁崇焕那样，以讹传讹，一旦抓到，以奸细重究。
《杨文弱先生文集》：“ 无奈人心不同，难端遂作。始而耸动督臣，谓一日不战，流言四起，纵敌养寇，必蹈袁崇焕之祸。臣于遵旨面上疏内直达上闻，以为仰祈天鉴。可释督臣之疑，从此专心办事矣。
圣旨批示：卿殚忠决策，前后屡疏甚明，朕所深鉴。其控播巧讹，著缉拿，即以奸细重究。该部知道。”
