基因组注释第一步：重复序列注释
串联重复序列（卫星序列）
：特定的单元首尾相连
特定的单元散落：散在重复序列（转座子）
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分类：
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卫星序列 ：重复序列长度大于100bp
小卫星序列：重复序列长度在10-100之间
微卫星重复序列：重复序列长度小于10bp
用于注释串联重复序列软件：TRF（从头预测）、RepeakMaster（同源）：自带重复序列库，
散在重复序列--转座子（TE）
分类：
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class1 转座时会产生中间产物RNA，也叫反转座子
class2，DNA-DNA，也叫DNA转座子
转座方式可分为：class1 复制粘贴，class2 （复制粘贴subclass1、、剪切粘贴subclass2）
可根据插入的机制（转座到目标这个位置）---order级别
class1
LTR（转座元件）-长末端重复序列，在植物基因组中含量多 ，对基因组大小序列变化的主要因素，LTR两端会形成一模一样的，随着时间的流逝，两端的基因序列会发生突变，测得一个物种后，找到这个元件，可以看一下两端的差异，来确定这个物种进化的年限，进化中比较常见的。
还有两类转座元件是line-长散在元件、sine--短散在元件，，在动物中比较多，
其中SINE的Alu元件在人中含量非常多，有一段和tRNA同源序列
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class2-subclass1
TIR、crpyon
注释重复序列软件
1.从头预测
2.特异的结构
3.基因组自身和自身比对
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4.同源注释
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重复序列注释思路：
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基因功能注释
基于同源预测的方法，
常见功能数据库
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