一、数据下载

官网——搜索并点击GSE、GLP相应文件下载

文件格式为:    txt      txt.gz（GSE文件）

已下载数据

二、对txt.gz文件进行解压缩

使用Rstudio

正常使用应该为：

library(R.utils)

setwd("D:\\date\\GSE48060_series_matrix.txt")  当前下载文件所储存路径

gunzip(filename="GSE48060_series_matrix.txt.gz",destname="GSE48060_series_matrix")   解压缩即可

但是！！！从第二步报错

报错

解决方法如下：

创建新目录，并将相应文件移入该目录下

完成压缩

三、ID转换

将txt文件拖入excel中

使用vlookup函数提取Gene symbol

如第二列（使用函数），第三列（复制第二列内容，复制时改为仅复制数值）为提取ID对应样本名

GEO2R数据分析学习

g该工具用于比较两组或多组样本以获得差异性表达的基因，但只对系列数据进行分析，对于测序数据进行分析则不会显示

该网站获取GEO数据库，找到目的GSE，点击GEO2R

定义实验组为PA，对照组为SA，并将其进行选中

点击Analyze,可获得可视化结果，PCA主成分分析、火山图等可视化图片和差异基因列表，也可在set columns处进行选择GO功能分析等操作，将分析结果下载。

此外补充GEO在线分析网站：Network Analyst

可进行差异分析和对差异分析的结果进行功能分析和网络分析