由于年纪轻轻就发现了三大定律，牛顿对上帝几乎没有信仰，甚至常常跟哈雷彗星的发现者爱德蒙·哈雷辩论：上帝是否真的存在。
一天，哈雷邀请牛顿来其家中做客。牛顿进屋后发现哈雷工作的桌子上，摆放着一个造型精美的太阳系模型，这立即让对天体运动非常感兴趣的牛顿爱不释手。牛顿把玩了一会之后问哈雷：“谁制造了这个精美的模型？”哈雷想了一会答：“它不是任何人制造的。”
牛顿对这个回答感到非常奇怪：“不是人制造的，那么它是怎么来的呢？”“它是自然存在的”哈雷不慌不忙地回答道。
“怎么可能”牛顿立即对他进行了反驳，“如此精美的模型必然出自能工巧匠之手，不可能是自然形成的。”
听到牛顿的言论，哈雷奇怪的说道：“这个模型根本没有真实的太阳系精美，既然你认为它不可能是自然形成的，为什么相信真正的太阳系是自然存在的，而不是更高级的智慧创造的呢？”
