本文是来自【生信人应该这样学linux】的学习笔记，希望能在5天内看完视频！
生信人应该这样学linux
优雅的Linux
cheatsheet
生物信息学100个软件安装代码
优秀学员笔记
linux命令行文本操作一文就够
督促自己好好学习，天天向上呀！
常用命令
1.登录及熟悉服务器
w显示当前登录用户
ssh username@ip地址 登录ssh
passwd username更改用户密码
df -h查看硬盘信息
free -m看可用内存
ifconfig查看ip地址
su切换用户
2.文件
linux所有目录都在/下面
tree -h显示当前文件夹下结构及文件大小（各子文件夹下有哪些文件）。若无tree命令，可sudo yum install tree下载；出现乱码时可将 alias tree='tree --charset ASCII'加入~/.bashrc文件里
pwd 显示当前路径
touch创建新文件
history显示历史命令
mkdir创建文件夹
mkdir folder{1..10}创建了folder1-10个文件夹
mkdir -p folder1/folder2/folder3若folder不存在，创建folder，且可以同时递归创建多层；若folder存在，则不创建
[user@lab temp]$ mkdir -p folder_{1..5}/folder_{1..5}
[user@lab temp]$ ls */
folder_1/:
folder_1 folder_2 folder_3 folder_4 folder_5
folder_2/:
folder_1 folder_2 folder_3 folder_4 folder_5
folder_3/:
folder_1 folder_2 folder_3 folder_4 folder_5
folder_4/:
folder_1 folder_2 folder_3 folder_4 folder_5
folder_5/:
folder_1 folder_2 folder_3 folder_4 folder_5
cd ~ 回到自己主目录
|管道符，传递数据
grep文本搜索
history | grep cat将history的结果传递给grep 查找cat
top 查看进程
&放在最后，命令在后台执行
ps默认展示显示运行在当前控制台下的属于当前用户的进程
ps -a 显示除控制进程（ session leader① ）和无终端进程外的所有进程
ps -ef标准格式显示进程 -e显示所有进程，-f显示完整格式的输出
sleep 沉睡
*通配符
echo将内容打印到屏幕
echo {1..10} 打印1-10
echo $PATH变量在shell里是$变量名变量名要大写
echo $PATH | tr ":", "\n" tr将一个字符替换为另一个字符
export PATH=$PATH:/cluster/home/yzhan/bin/bin/ 将路径导出到环境变量中
wsx@wsx-ubuntu:~ echo $PATH | tr ":", "\n"
/opt/scm/bin
/usr/local/bin
/usr/bin
/usr/local/sbin
/usr/sbin
/opt/ibutils/bin
which mkdir 查看mkdir命令的位置
man ls 查看ls的帮助文档
locate file_name searches a file
cp file file_copy copy a file
cp -r copy files contained in directories
rm file deletes a file
rm -rf同时删除文件及目录
mv file1 file2 moves or renames a file
rename regexp files renames multiple files
PS1="\[\e[32;1m\]\u[\e[33;1m\]\t\[\e[35;1m\]\w\n\[\e[0;40m\]$" PS1="\[\e[35;1m\][\u@\h \W]$>\[\e[0m\]"使界面好看一点（慎用）
3. 压缩与解压缩
1.压缩
2.解压缩
unzip file.zip
tar xvfj file.tar.bz2
tar xvfz file.tar.gz
gunzip file
3. 批量解压缩
for i in `ls *tar.gz`
do
tar -zxvf $i
done
tar –xvf file.tar 解压 tar包
tar -xvfz file.tar.gz 解压tar.gz
tar -xvfj file.tar.bz2 解压 tar.bz2
tar –xZvf file.tar.Z 解压tar.Z
unrar e file.rar 解压rar
unzip file.zip 解压zip
linux下解压命令大全
.tar
解包：tar xvf FileName.tar
打包：tar cvf FileName.tar DirName
（注：tar是打包，不是压缩！）
———————————————
.gz
解压1：gunzip FileName.gz
解压2：gzip -d FileName.gz
压缩：gzip FileName
.tar.gz 和 .tgz
解压：tar zxvf FileName.tar.gz
压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName
———————————————
.bz2
解压1：bzip2 -d FileName.bz2
解压2：bunzip2 FileName.bz2
压缩： bzip2 -z FileName
.tar.bz2
解压：tar jxvf FileName.tar.bz2
压缩：tar jcvf FileName.tar.bz2 DirName
———————————————
.bz
解压1：bzip2 -d FileName.bz
解压2：bunzip2 FileName.bz
压缩：未知
.tar.bz
解压：tar jxvf FileName.tar.bz
压缩：未知
———————————————
.Z
解压：uncompress FileName.Z
压缩：compress FileName
tar.Z
解压：tar Zxvf FileName.tar.Z
压缩：tar Zcvf FileName.tar.Z DirName
———————————————
.zip
解压：unzip FileName.zip
压缩：zip FileName.zip DirName
cat file 查看文件
cat -n file 查看的同时显示行数
cat > test.txt 创建并开启输入文件模式，之后ctrl+c退出即可
cat file1 file2 > file3 merges files 1 and 2 into file3
cat *fasta > all.fastaconcatenates all fasta files in
the current directory
head file prints first lines from a file
head -n 5 file prints first five lines from a file
tail file prints last lines from a file
tail -n 5 file prints last five lines from a file
less file view a file
less -N file includes line numbers
less -S file chops long lines
less -SN file q退出
space bar翻页， g第一行， G最后一行，j下， k上, /<pattern>往下搜索模式，?<pattern>往上搜索模式， n前一个匹配字符，N后一个匹配字符。
more test.txt慢慢查看文件的内容，q退出，Enter向下查看
wc file counts lines, words and bytes of the file
wc -l filecount lines
grep pattern file Prints lines matching a pattern
grep -c ‘pattern’ file counts lines matching a pattern
grep -n ‘pattern’ file同时显示行数
grep -c "[^ \\n\\t]" some_data.bed grep命令实现非空行计数
cat -n test.bed | grep H3K4me1
grep -v pattern file选择不带pattern的行; -o选项只抽离输出匹配的部分;-v选项排除匹配到的，-w进行完全匹配。这样可以防止，你想排除 abc结果把 abc1， abcd也排除掉了。-B指定输出包括匹配到的前多少行，比如 -B1就是前一行； -A指定输出包括匹配到的后多少行，比如 -A2就是包括了后两行。 -C指定输出包括匹配到的前后多少行。 grep支持基本正则表达式， -E指定支持扩展表达式，或者用egrep命令。
cut -f 1,3 file retrieves data from selected column in a tab-delimited file，显示文件的1,3列，-d指定分隔符，如-d ,指定,为分隔符
cut -f 1-3 file显示文件的1到3列
cut -f 1-3 test.bed | awk '{print $1$2}'传递给awk让其打印1-2行
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $1":"$2","$3}' 双引号
cut -c1-3 file显示文件的1-3个字符
得到坐标可以索取序列
column -t将输出列排列整齐，-s指定分隔符
sort排序应用
sort默认用空格或tab键作为域（列）分隔符
sort -t如果我们用其他形式的分隔符，需要用-t选项指定。
sort -k1,1V -k2,2nr test.bed
sort -k选项指定某列的排序方式。而每次使用 -k选项都要带上指定列的范围(start, end)。如果只指定一列，就为(start,start)了，像上面命令的 sort -k1,1就是。
sort -k2,2n这里的 n指定程序把第二列当做数值对待。如果不做设定，都是当做字符对待（shell都是这么对待数值数据的）。所以总结其他这一行命令就是对第一列按照字符排序，第二列按照数值排序。
sort -r反向排序，如果你只想反转一列，可以把它加在 -k选项后。
sort -V这里可以添加 V选项修改，让shell按照数字顺序排序而不是查字典的形式。
sort -M根据时间戳按月排序（3字符月份）
sort -c检查一个文件是不是已经按照过某种方式排过序了，一般echo $?shell返回0表示成功执行。
wsx@wsx-ubuntu:~$ sort -k1,1 -k2,2n test.bed | sort -k1,1 -k2,2 -c
sort：-:2：无序： chr1 10 19
wsx@wsx-ubuntu:~$ echo $?
1
wsx@wsx-ubuntu:~$ sort -k1,1 -k2,2n test.bed | sort -k1,1 -k2,2n -c
wsx@wsx-ubuntu:~$ echo $?
0
awk用法
awk的程序结构是pattern {action}
pattern可以是表达式或者正则表达式。pattern有点像 if语句，当它满足时就会执行相应的动作。
另一个 awk核心是它用$0表示所有列，$1，$2...等等表示对应的列
wsx@wsx-ubuntu:/tmp$ awk '{ print $2 "\t" $3}' example.bed
26 39
32 47
11 28
wsx@wsx-ubuntu:/tmp$ awk '{ print $2 $3}' example.bed
2639
3247
1128
wsx@wsx-ubuntu:/tmp$ awk '{ print $2 , $3}' example.bed
26 39
32 47
11 28
awk作为一门编程语言，它支持各种操作符（运算，逻辑，判断）喔。
wsx@wsx-ubuntu:/tmp$ awk '$3 - $2 >18' example.bed
chr1 9 28
wsx@wsx-ubuntu:/tmp$ awk '$1 ~/chr1/ && $3 - $2 > 10' example.bed
chr1 26 39
chr1 32 47
chr1 9 28
# 这里 ~ 符号用来匹配正则表达式
还有 awk存在一些变量，像 NR表示行号， OFS表示输出分隔符等
wsx@wsx-ubuntu:/tmp$ awk 'NR >= 3 && NR <= 5' example.bed
chr3 11 28
chr1 40 49
chr3 16 27
如果我们想把 gtf文件转换成为 bed格式，可以使用
wsx@wsx-ubuntu:~/Work/research/Promoter_Research$ head -n1000 Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf | awk '!/^#/{ print $1 "\t" $4-1 "\t" $5}'| head -n 3
1 11868 14412
1 11868 14409
1 11868 12227
软件安装示例
非二进制可执行文件
cd ~/biosoft
mkdir samtools && cd samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2
tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2
cd samtools-1.3.1
./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin
make
make install
~/biosoft/myBin/bin/samtools --help
~/biosoft/myBin/bin/plot-bamstats --help
cd htslib-1.3.1
./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin
make
make install
~/biosoft/myBin/bin/tabix
