NCBI数据下载工具：aspera的安装与使用

前言

生物信息分析总是避不开从NCBI上下载数据，但是很多时候通过浏览器登录NCBI都费劲，更别说下载大量的数据了，所以很必要了解一下NCBI数据下载工具aspera，该软件是由IBM开发，能够最大程度利用宽带速度，小编下载NR和NT数据库的时候速度能飚到400Mb/s，下载基因组的时候能飚到20Mb/s。

下载安装

下载链接：Aspera - Connect | IBM然后选择请参阅所有安装程序选择自己需要的版本，小编这里选择aspera-connect-3.7.4.147727-linux版本为例。

下载：wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

解压：tar -xzvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

安装：sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh #此时安装已经完成，去到用户的home目录里能看到一个.aspera目录

秘钥复制： cd；cp ./.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty .；cp ./.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ./# 切换到home路径，将两个重要的配置文件复制到home路径

添加环境变量：echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc ；source ~/.bashrc

已可以使用该下载工具下载数据

NCBI数据下载示例

小编想从NCBI上下载拟南芥基因组和NR数据库，于是从NCBI上扒拉得到下载链接https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/735/GCF_000001735.4_TAIR10.1/GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna.gz 和https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz

只要运行一下下边命令即可下载得到基因组和NR数据库：

基因组：ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l200m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:genomes/all/GCF/000/001/735/GCF_000001735.4_TAIR10.1/GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna.gz ./

NR数据库：ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/FASTA/nr.gz ./

其他的下载地址可以参考该下载命令，只要稍加修改即可，参数-i表示限制的最大下载速度，一般200m到500m，其他参数小编了解的不是很清楚，感兴趣可以去官网上翻阅。

aspera的其他应用

对于生信分析来说，aspera还可以下载EBI数据，还有Windows版本的该软件，大家可以去官网研究，最后小编在这里提醒一下，因为该软件能最大利用宽带，所以下载时最好进行限速，以免影响别人的工作。

最后编辑于：2020.10.27 10:12:51