本策主要说LncRNA,具有改天换地能力,不编码蛋白但可执行各种调控功能的,初期被大家所忽略存在的“暗物质”的RNA,因此便有了革故鼎新这样另辟天地的分子。
概述
lncRNA,long non-coding RNA,超过200个nt长,不编码。
若发现一个新的没有报道的lnc,需要证明非编码,找到序列信息后,分析其可否编码形成连续的氨基酸链,通过密码子破译序列信息(非编码,不具备超过100个bp长度的ORF)(ORF finder→Blast同源蛋白)。
想省事,可老分子做新表型,移植分子换换表型。序列、引物、siRNA都是现成的,可以把关注点放在新表型上。
查询lncRNA的数据库:noncode(www.noncode.org)
lncRNA分子类型:很多按位置和特点命名 1.反义(antisense,AS)一类从编码基因反向转录的lncRNA。2.内含子(intronic,IT)在基因内含子区域编码的lnc。3.重叠(overlaping,OT)跨越内含子和外显子的lnc。4.lincRNA(long intergenic lnc,长链基因间lnc)编码区位于两个基因间,不与内含子和外显子重叠。5.反义上游(antisense upstream,AU)推断有双向启动子,头对头(head to head)挨着。6.eRNA(enhancer lncRNA)由基因的增强子编码产生,促进基因转录。7.circ及相关。circ是由特殊可变剪切产生,大部分来源于外显子,主要位于细胞质(少数内含子来源的存在细胞核),环状闭合,不易被外切酶降解,比线性更稳定。是疾病发生发展的重要参与者。
套路
老5步:基础表达(+FISH秀定位),操作工具(胞浆RNAi,胞核CRISPR),细胞表型,动物表型,回复实验(CRISPR后再过表达)。
机制初探
1.miR sponge 。2.lnc-蛋白交互 调控转录。3.编码小肽。
本章结束。主要有9#:功能基因论证规范。10#:分子修饰。11#miRNA。12#lncRNA。的单变量论证套路。从下一章开始多变量~