生物体内的RNA分子包括三类,分别是mRNA、tRNA、rRNA。
- rRNA即为核糖体RNA,是RNA分子中含量最多,分子量最大的一种。rRNA单独存在时不执行其功能,但与多种蛋白质结合成核糖体后,能读取tRNA核苷酸序列所包含的遗传信息,并翻译为蛋白质中氨基酸序列。按单位离心力场下的沉降速度的沉降系数,细菌的rRNA有5S、16S及23S三种;
- 16S rRNA 表示单位离心力场下降系数为16的rRNA;
- 16S rDNA 即16S rRNA基因。
1. 为什么选用16S rRNA基因作为细菌分类的基因标志物?
16S rRNA基因的编码序列常用于细菌的分类研究,其优势有:①存在于所有的原核生物中,功能同源且最为古老,素有“细菌化石”之称;②基因长度约为1540bp,大小适中、易于操作;③由不连续保守区和可变区组成,其保守区可用于通用引物设计,可变区可推测其分类学地位。
2. 16S rRNA用于细菌鉴定的基本原理是什么?
依赖于分子生物学技术、计算机技术和互联网技术相结合而诞生的生物信息技术。世界范围内生物信息资源的交流、共享及在线分析程序的开发,为细菌16S rRNA靶基因识别奠定了基础。目前,几乎全部已发现的原核生物的16S rRNA基因序列已测序成功并保存在公共核酸库中。对于新命名的细菌,亦必须测序其16S rRNA基因并提交到公共核酸库中。因此,对于未知的细菌,只需要采用针对16S rRNA基因保守区的通用引物进行扩增和测序,在通过公共的核酸库进行核酸序列的相似度比对,比如blast,即可快速判定改细菌归于哪个属甚至哪个种,以及它与其他细菌在系统发育上的亲缘关系。
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