朱棣做了皇帝之后，大规模篡改史料。其中，《明太祖实录》重修了两次，《永乐实录》受其全盘监控。这当中，最大的几项篡改成果，一是将庶出的朱棣说成是朱元璋的原配马皇后所生；二是伪造史实说朱元璋曾三番五次要立朱棣为太子；三是将建文帝时期的档案集体销毁，然后按需要重新撰写了建文时代的历史。“屠杀三千宫人事件”在永乐官方档案中没有记载，正是这个缘故。
好在，《李朝实录》大体记录下了此事的前后始末。
据李朝《太宗实录》记载，永乐十二年（1414年）九月，李朝政府接到了朱棣的旨意，“命囚吕氏之母与亲族于义禁府”。这位吕氏乃是李朝奉命进贡给朱棣的美人——众所周知，朱棣宫中有许多高丽进贡的妃子、宫女与太监（朱棣的生母有可能是高丽人）。永乐六年（1408年），李朝太宗李芳远应朱棣要求，选送了美女五人、使女厨娘等28人来明朝，其中就有吕氏，最为得宠的则是权氏。可惜好景不长，永乐八年（1410年）权妃便薨逝了。
此番负责传旨的人叫元闵生，是一名随李朝官员尹子当去高丽的官方翻译。他向李朝国王李芳远如此转述朱棣的口谕：“皇后没了之后，教权妃管六宫的事来，这吕家和权氏对面说道，有子孙的皇后也死了，你管得几个月，这般无礼。我这里内官二个，和你高丽内官金得、金良，他这四个做实弟兄，一个银匠家里借砒霜与这吕家，永乐八年回南京去时，到良乡，把那砒霜研造末子，胡桃茶里头下了，与权氏吃杀了。当初我不知道这个缘故，去年两家奴婢肆骂时节，权妃奴婢和吕家奴婢根底说道：‘你的使毒药杀我的妃子。’这般时才知道了。问出来啊，果然。这几个内官银匠都杀了，吕家便著烙铁烙一个月，杀了。你回到家里，这个缘故备细说的知道，和权永均根底也说，吕家亲的再后休著他来。”
在这次风波中，朱棣“诛吕氏及宫人宦官数百余人”。最惨的是吕氏，被用烙铁烙了一个月才死去。李朝政府接到旨意后，只拘捕了吕氏的母亲，没有株连其他亲族。元闵生回到北京后，以“已刑吕氏之母”作为汇报，朱棣表示满意。
然而，事情并没有完。
永乐十九年（1421年）前后（略早于奉天殿被天雷焚毁），朱棣忽然发现，之前所谓的“吕氏毒杀权妃”乃是一场冤案。据李朝《世宗实录》记载，当时朱棣的宫中还有一名来自李朝的吕氏妃嫔。因她出身商贾之家，与其他高丽妃嫔多出身官宦之家不同，故被称作贾吕。贾吕原只是普通宫女，因试图与吕氏结为同姓之好遭拒而心怀怨恨，后来诬告吕氏毒死权妃的便是她。再后来，贾吕终于引起朱棣注意成为妃嫔，却因“与宫人鱼氏私宦者”（与宦官有不正当关系）而被朱棣发觉，贾吕与鱼氏惊恐之下双双自杀。朱棣大怒，“鞠贾吕侍婢，皆诬服，云欲行弑逆，连坐者二千八百人，皆亲临剐之。”酷刑之下，“吕氏毒杀权妃案”虽然得到了澄清，但贾吕身边的宫女为求活命到处攀咬，这个案子反被弄成了谋逆大案，导致宫内外2800余人被杀。
若加上之前“吕氏毒杀权妃案”被杀的数百人，共有超过三千人死在了朱棣刀下。
李朝《世宗实录》的上述记载，共交待了三个信息源。
第一个是明朝派去李朝的使臣，包括礼部郎中李琦和通政司参议彭璟。他们此行的目的，一是告知李朝国王，朱棣已驾崩，明朝的新皇帝已经登基；二是告诉李朝君臣，“前后选献韩氏等女，皆殉大行皇帝”，李朝之前进贡的美女基本上都殉葬给了明成祖朱棣（朱元璋恢复了残酷的人殉，该制度直到明英宗时才废止）。
第二个是“尹凤奉使而来，粗传梗概”。尹凤是李朝出身的宦官，他奉命去李朝传旨，向李朝君臣讲了个大概。
第三个信息源是“金黑之还，乃得其详”。这位金黑是被活殉给朱棣的那位韩妃的乳母，她侥幸在大屠杀中活了下来（韩妃在大屠杀中遭到幽禁，险些饿死）。所谓“乃得其详”，是指金黑从宫女视角提供了不少细节。比如，许多宫女一度以为天雷焚毁奉天殿等建筑后，朱棣会放弃大屠杀，“宫中皆喜，以为帝必惧天变，止杀戮”，但这个期望完全落空了。再如，金黑等人认为，朱棣驾崩了，韩氏等妃嫔也活殉了，新登基的明仁宗仍迟迟不送她们回李朝，是因为皇帝听了“宫中诸女秀才”的劝告，觉得这场大屠杀旷古绝今，且牵涉到朱棣的隐私，“如此之乱，不可使知之”。所以金黑又在紫禁城孤独地活了十一年，直到宣德十年（1435年）才回到李朝。
上述信源提供的讯息当中，有些是可以在明朝史料中得到佐证的。比如李朝《世宗实录》里说：“初帝宠王氏，欲立以为后，及王氏薨，帝甚痛悼，遂病风丧心。自后处事错谬，用刑惨酷”。《明太宗实录》里也承认，“永乐十八年秋七月丙子，贵妃王氏薨。”“上晚年有疾，间或急怒，宫人惧谴，妃委曲调获。盖自皇太子、亲王、公主以下皆倚赖焉。”两份史料提供了一个共同的事实：朱棣晚年极为残暴，宫中上至皇子皇女，下至宫女太监，都对朱棣心怀恐惧。只有得到了朱棣宠爱的王贵妃，多少能够保全一下众人。
有意见认为，朱棣晚年常常情绪失控大开杀戒，与他患有“风痺”之症有关。这可能是原因之一，但未必是全部原因。比如，给朱元璋做过贴身警卫的“朕跟前小厮”俞本，依据亲身经历和耳闻目睹，留下了一本《皇明纪事录》，内中恰有一段朱元璋“屠杀五千妇女”的记载：“京师犯法文武官员女妇，宥其死罪，拘作一局，令阉宦守其门，宫中有垢衣，即令浣濯其中。有一妇娩子而弃其中，宦者以事闻。上疑其通外，将妇女五千余人俱剥皮贮草以示众，守门宦者如之。”
朱棣在洪武时代生活到三十八岁。长期耳濡目染此类残酷行为，受到影响是必然的。
