生信学习Day6笔记（学习R包）--立小里

学习R包

R包学习思维导图

1、安装和加载R包

• 镜像设置
  为了加速包的下载，一般会配置一个国内镜像，可以在Rstudio的程序设置中直接选择，也可以在R的配置文件“ .Rprofile”进行添加，具体步骤如下

file.edit('~/.Rprofile')
# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源

最后保存=》重启Rstudio，这时你再运行一下：options()$repos和options()$BioC_mirror 就发现已经配置好了
参考生信星球你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？

• 安装R包
  R包安装命令是
  install.packages(“包”)
  或者BiocManager::install(“包”)
• 加载R包

library(包)
require(包)

• 例：安装加载软件

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

2、dplyr五个基础函数

#1.mutate(),新增列
library(dplyr)
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

#2.select(),按列筛选
select(test,1)
select(test,c(1,5))
select(test,Sepal.Length)
select(test, Petal.Length, Petal.Width)
vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
select(test, one_of(vars))

#3.filter()筛选行
filter(test, Species == "setosa")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))

#4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

#5.summarise()：汇总
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差
group_by(test, Species)
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

3、dplyr两个实用技能

#1：管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
test %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

#2：count统计某列的unique值
count(test,Species)

4、dplyr处理关系数据

options(stringsAsFactors = F)

test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'), 
                    z = c("A","B","C",'D'),
                    stringsAsFactors = F)
test1


test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), 
                    y = c(1,2,3,4,5,6),
                    stringsAsFactors = F)
test2 


inner_join(test1, test2, by = "x")

left_join(test1, test2, by = 'x')

left_join(test2, test1, by = 'x')

full_join( test1, test2, by = 'x')

semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')

anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')

test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))
test1

test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))
test2

test3 <- data.frame(z = c(100,200,300,400))
test3

bind_rows(test1, test2)
bind_cols(test1, test3)

详细教程见Day6-学习R包