古DNA的特殊性，古DNA由于时间久远，哪怕挖出来骨头，但是它的内源性部分受到微生物的影响比较大。
人类演化：
通识：人类的祖先最早是出现非洲的，虽然现在东亚有很多争议，这种争议并不是针对人类的祖先，主要针对是现代人最后走出非洲，还是说现代人是由当时的本地人本土人演化而来的。但两方的共识是，人类的祖先最早在180万年前出现在非洲。除了非洲古人类，还有尼安德特人 、东亚的北京人、大荔人、马坝人等。
但已经灭绝的人类基因组上，目前我们（在东亚）唯一 获得的是丹尼索沃人。
直到2010年，人们对尼安德特人的基因组草图了解到，尼安德特人对我们现代人的欧亚人群都有1%-2%的贡献。丹尼索沃人对大洋洲的人群影响有4%-6%。
末次冰期的最后阶段，猛犸象、披毛犀都灭绝了。在这样的环境下，人类是怎样变化的呢？通过古DNA我们可以抓取一些非常重要的片段。其实早期的人种是辐射性的，并不是单一路线的迁徙。
一万九千年，末次盛冰期刚结束的时候。一旦环境相对适用于人群的时候，会有很多未知的人群，甚至很多很古老的人群对后期的人群有影响。一万四千年后的欧洲人和一万四千年前的欧洲人是不一样的。一万四千年后的欧洲人才出现了蓝色的眼睛、暗色的皮肤。
中国第一个自己的古基因组，距今4万年前，在北京的田园洞。
