技术原理：
染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation Assay, ChIP）的基本原理是在活细胞状态下把细胞内的蛋白质和DNA交联，超声波或酶切将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后用所研究的目的蛋白质抗体免疫沉淀蛋白质-DNA复合体，从而特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，以便用于下游的PCR分析和Sequence测序。
ChIP-qPCR用于检测通过蛋白特异性免疫沉淀富集得到的特定 DNA 序列的相对数量。ChIP-sequence能对蛋白-DNA 相互作用和组蛋白修饰进行全基因组范围内的分析。
两大技术路线：
因为：甲醛交联后的染色质对限制性内切酶、MNase及DNase I高度抵抗，不易被酶切断。通常需要使用超声波来物理打断染色质。
所以：根据实验者研究的目的蛋白不同，采用2种不同的技术路线
1、如果研究的是转录因子，转录因子和启动子DNA元件的结合一般都是弱结合，是容易解离的，且转录因子在细胞内的丰度较低，所以一般采用甲醛固定交联转录因子和DNA，超声打断得到染色质小片段的技术流程。
2、如果研究的是组蛋白甲基化或乙酰化修饰，细胞内丰度较高，且DNA缠绕在组蛋白上，是相对强结合，不易解离，因此一般无需甲醛固定交联，MNase (Micrococcal Nuclease) 酶切即可得到染色质小片段。
两类CHIP实验的差异图
上图为转录因子类ChIP（左）和组蛋白修饰类ChIP（右）的微观差异图
两种技术流程的步骤有所不同，流程图分别如下所示：
组蛋白修饰类天然ChIP实验流程
转录因子类甲醛交联ChIP实验流程
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