学习笔记-2020-08-08

  • 现阶段完成的任务
  1. 成功复现Perlscript_Vina_multithread_1.pl脚本，当用户输入蛋白和配体时，程序能识别口袋的中心，确定口袋的大小，利用口袋的这些参数，调用vina程序在配体数据库( FDAapp )中进行虚拟扫描。最后返回亲和力前50的分子。
  2. 在用AutoDock进行虚拟扫描时，发现FDAapp数据库中的部分配体出现错误，详情见https://www.jianshu.com/p/15b6a1e9bbaf。将出现错误的分子整理出来并从数据库中筛出。FDAapp数据库和FDAall数据库中均有28个分子不能正确对接。

  • 正在进行的任务
    从specsA和specsB数据库中筛出不能对接的分子。数据库较大，运行时间较长。

  • 接下来的工作
    将脚本输出结合到web页面。

最后编辑于 ：
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。