lr2rmats
lr2rmats 基于Snakemake进行分析，可利用三代和二代数据对基因注释文件进行优化，生成新的注释文件。新生成的注释文件可以提供给rMATS用于差异可变剪接分析。
image.png
1. lr2rmats的安装
安装比较简单，直接git 克隆代码， 设置好PATH的环境变量即可。
git clone https://github.com/Xinglab/lr2rmats.git --recursive
cd lr2rmats
make dependencies
make lr2rmats
export PATH=$PATH:$PWD/bin # To permanently modify your PATH, you need to add it to your ~/.profile or ~/.bashrc file.
make dependencies命令将构建 lr2rmats 所需的所有依赖项。
make lr2rmats将构建 lr2rmats 管道的主程序。
或者，可以简单地键入make来构建需要的一切。
构建完成后，lr2rmats/bin需要将路径添加到环境变量PATH中。
2. 软件运行
该软件的分析流程采用了snakemake开发，非常的方便，可以运行一下测试数据。其中Snakefile 是分析流程， config.yaml 是数据和流程运行参数的配置文件。
snakemake -p --snakefile ./Snakefile --configfile ./config.yaml
如果snakemake版本 <5.2.0：
snakemake -p --snakefile ./Snakefile_legacy --configfile ./config.yaml
输出文件output/updated.gtf，以及一些中间文件和日志文件。这个文件可以放到rMATS软件中进行分析
参考资料
