以linux系统为例

首先，在$HOME目录下，新建一个文件.Rprofile，并进入vi编辑器：

vi ~/.Rprofile

按下键盘Insert键进入vi的编辑模式，然后我们就可以输入代码配置默认环境变量了。比如：

#设置R包默认安装镜像：
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))  #以清华大学镜像为例


#设置bioconductor的默认安装源：
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") #以清华大学镜像为例


#设置默认R包安装路径，以后重装R就不用重新装包了：
.libPaths("自定义Rlibrary路径") 


#设置默认帮助方式为网页：
options(help_type="html")


#设置默认工作目录：
setwd("自定义工作路径")  #自定义路径必须已经存在，路径中不要出现汉字
还可以加上其他自己想要初始化的命令。
编辑完成之后，按下键盘ESC键退出到命令模式，再输入命令 :wq 保存退出，下次再进入R就生效了。

多镜像配置

如果担心R包和bioconductor一个镜像不够，可以配备多个网址。相关命令修改为：

options(repos=structure(c(CRAN=c("地址1", "地址2","地址3"))))
options(BioC_mirror=c("地址a", "地址b","地址c"))

这样，安装R包的时候，系统会自动按照从左往右（地址1→地址2→地址3）的优先级从镜像中搜索R包，直到寻着合适的R包或者所有皆未找到报错退出为止。
也可以用CRANextra变量实现：

options(repos=structure(c(CRANextra="第二源地址"))) 

以win10系统为例

windows10上的R又该如何操作呢？

第①步：打开记事本或者其他文本编辑软件；
第②步：输入默认设置（内容同上述linux案例）；
第③步：保存文件到 “此电脑>文档” /.Rprofile （文件没有后缀名哦~）；
第④步：重新进入R/RStudio即可。

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