使用REPuter遇到的小问题

叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析,其中会使用在线工具REPuter https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer?id=reputer_manual_manual 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。然而自己在使用的时候一直会遇到报错,

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不知道是什么原因,自己猜测是因为序列太长,在线版运行运算能力不够,所以尝试下载单机版REPuter,但是一直没有找到下载方法,无意间发现了vmatch程序,其中有一个perl脚本repfind.pl可以做forward 和 palindromic重复分析,运行帮助命令可以查看具体参数,
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使用之前需要将解压出来的程序添加到环境变量。
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-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复,-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp

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