故事是这样的：
在德克萨斯州广阔荒原中的一条高速公路旁，人头蟒蛇身子的改造人杀死了奥拉博士的女儿，确切的说，是吓死了博士的女儿呢。。。。。。
时间回到十六年前，在一个聚会上，菲力克斯将军和研究基因组合的奥拉博士相识。暗示邀请奥拉进行一个改造人类基因的项目，因为随着科技的发展，将军发现士兵的素质在逐渐下降，可能以后根本无法上战场厮杀了。所以想将动物的基因添加到人的基因中，生产出聪明，敏捷，善战的改造人。奥拉博士祖籍是桑比亚，一个非洲的穷国，信仰物种平等主义的奥拉一直想通过基因技术改造人类的消化系统以便能够吃“粗粮”。以此来消灭贫穷。于是，一个有钱，一个有本事，在经过几次你来我往的“卿卿我我“后，双方决定合作。
虽然当时的技术还没达到对基因进行测序和完全破译的水平，但是基因序列就像代码一样，只要知道了对外的接口就可以调用整个功能模块。所以奥拉根据这个，将人的基因和动物的基因在接口上对接，制造出了很多组合体，长黄瓜的西红柿，长西红柿的黄瓜，长着鱼鳃的果蝇等等。
就这样，以生产强壮改造人的“创世工程“启动了。测试基因的来源就是菲力克斯和奥拉每人从头上拽下来的一根头发。厂房建立在德克萨斯州西部的荒漠中，叫做创世工程第一阶段试验基地。简称1号基地，但是对外宣称畜类传染病研究中心。基地中，按工程的不同阶段，划分了不同的区域，开始了浩浩荡荡的流水线作业—基因组合车间->人造子宫->成长区。第一步产生的1000万个胚胎细胞，最后只有1万个能进入到成长区，所以这套系统也被称作淘金者系统。
四年时间过去了，第二个基地—2号基地已经建造完毕。在撤离1号基地时，将军决定去看看1号基地的成果，这一去差点把将军给吓死。因为用的都是他和奥拉的基因，所以当他看到那些血肉模糊的失败的肉团时，发现上面的人头就是自己的脸，那颗人头和自己一模一样。而他们的五脏六肺都浸泡在液体中。当他们看到将军和奥拉时，一阵阵的狂喊创造者，和先祖。他们认为奥拉才是创造者，而将军只是先祖。然而，整个1号基地的改造人都是实验的废品，是失败品，为了清理这些废品，将军直截了当的表示要关闭所有的生命维持系统。但是信仰物种平等的奥拉认为这就是谋杀，在他的眼里，人类并不比其他的物种高级，所有的物种本质上都是一条长长的DNA链。但是没办法啊，权力决定着一切，生命维持系统还是被马上关闭了。失败品开始互相捕食，强壮的都存活了下来。为了尽快清除，将军决定使用凝固汽油弹。在熊熊大火中，1号基地和所有存活的改造人全部华为灰烬。
在这之后不久，桑比亚腐败贪婪的政府被推翻，一个叫鲁卡的人成立了新的军政政府，新政府立刻受到了西方国家的全面封锁。
“10年过去了，世界在加速前进，就像一只从滑道上飞速滑下的雪撬，让上面的人时而兴奋异常，时而胆战心惊。变化和奇迹如不间断的焰火绽放在时间的天空，令人眼花燎乱，头晕目眩，每朵焰火的开放和消失都一样突然。当马桶和狗食盆都联入了宽带网络后，信息时代也就结束了，随之而来的是基因工程时代，比起前者，这更像一个魔术的时代，当人们吃着西瓜大的葡萄和葡萄大的西瓜时，他们由衷地赞叹这个时代。 ”
奥拉的妻子凯西想研制一种基因病毒，只对特定的人感染，希望得到奥拉的帮助，奥拉以这是基因武器为由拒绝了。从此两人分道扬镳，最后奥拉差点还死在凯西手里。
创世工程也建造完了第三个基地—3号基地，这时候的实验已经使改造人在外在上和普通人没什么区别了，只是多了其他组合物种的身体素质能力。和原来一样，所有的成功案例都转移到了3号基地，但是2号基地依然处在森严的戒备中。直到有一天，将军意识到2号基地内的改造人要发生集体暴乱了。在5年的时间里，残留在2号基地的改造人逐渐形成了自己的社会群体和属性，他们渴望和普通人一样，共享外部的世界，这当然是不被允许的啊。于是暴乱开始了。结果可想而知，面对各种武器，改造人的下场必死无疑。首先是冲在最前面的是人和马的基因组合的改造人。中间夹杂的是人和狮子组合的改造人。都在枪林弹雨中变成了细碎的血肉，最后冲击的蛇人，一样被子弹撕得粉碎。接下来部队又清理了留在基地中的鱼人，蜘蛛人，螃蟹人，至此，2号基地的全部改造人被消灭了。只有极少数几个逃跑了。其中就有杀死奥拉女儿的人首蟒蛇身的蛇人。由于都认为对方违背了当初合作时的承诺，奥拉和将军的关系破灭了。将军最后企图诱骗一个蜘蛛人去杀死奥拉，结果人家蜘蛛人是奥拉的小弟。因为将军残杀改造人，而奥拉信仰物种平等，将军差点死在蜘蛛人的网中，千钧一发时被凯西救了。凯西还向将军透露出奥拉已经将3万名改造人转移到了桑比亚。于是一场更大的战争开始了。
将军带领着一艘航空母舰，巡洋舰，护卫舰，补给舰，潜艇来了桑比亚旁边，把藏着改造人的森林炸了个底朝天，最后发现只是徒劳。3万名长着翅膀的改造人，也就是鸟人，对舰队展开了进攻，鸟人凭的是强壮，舰队凭的是武器。但武器终不敌鸟人的数量，最后进过一番激战，鸟人占领了舰队，在护卫下，奥拉闪亮登场，对将军进行了一番思想政治教育，告诉将军歧视是不对的，不应该歧视改造人，不应该歧视非洲的穷国，不应该歧视黑人(奥拉是黑人)。将军只能腆着脸说要命一条，杀了我吧，傲娇的奥拉挥一挥手，带着鸟人们潇洒的离去了。一脸懵逼的将军随着航空母舰一起沉入了大海。
