#!/usr/bin/python3
#-*- coding:utf-8 -*-
#提取指定ID的序列
import sys
args=sys.argv
fr=open(args[1], 'r')
fw=open('./out.fasta', 'w')
dict={}
for line in fr:
if line.startswith('>'):
name=line.split()[0]
dict[name]=''
else:
dict[name]+=line.replace('\n','')
fr.close()
for ID in dict.keys():
if ID ==args[2]:
fw.write(ID)
fw.write('\n')
fw.write(dict[ID]) fw.write('\n') fw.write(str((dict[ID].count('G')+dict[ID].count('C'))/len(dict[ID]))) #计算指定序列中的GC含量
fw.close()
用法：python3 filename 'ID_name'输出的结果保存在文件：out.fasta中
原文链接：https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/8027494.html
