学习小组Day3笔记--Nethoen

继续Linux入门👌

1. conda/ miniconda

快速体验安装-配置-使用说实话没有体会到😂

Linux-conda/miniconda基本指令
wget +粘贴(鼠标右键)  #下载miniconda
cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft   #直接把其他文件夹里面的拷贝过来
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装它!🐒
#可以类推其他软件安装#
source ~/.bashrc #还要激活它
conda  #再召唤一下 看看成功了没✅

conda list #查看当前所有软件
conda search XXXXX   #搜索软件
conda search fastqc   # 举个栗子
conda install fastqc -y   #- 安装软件/此下还是举fastqc, -y和不-y的区别?我没试,可能后面会问yes /no?
conda remove fastqc -y    #卸载XXXX软件  小小好奇这个-y和不-y的区别?

2. 使用镜像

清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
摘自:生信星球

3. 补充些

  • conda

Conda是一个开源跨平台语言无关的包管理与环境管理系统。其允许用户方便地安装不同版本的二进制软件包与该计算平台需要的所有库。还允许用户在不同版本的包之间切换、从一个软件仓库下载包并安装。
Conda是用Python语言开发,但能管理其他编程语言的项目(如R语言),包括多语言项目。Conda可安装Python语言的包,类似于其他基于Python的跨平台包管理器(如wheel或pip)。
一些基于Conda的工具软件:
Bioconda,用于计算生物学。
Anaconda
Miniconda
Anaconda Repository.
来源:维基百科

放梯子备用Conda-github

  • fastQC

クオリティチェックの代表的なプログラムとして FastQC がある。FastQC は Java で書かれているため、OS を問わずにダウンロードすればすぐに利用できる。Linux 上では GUI 画面が利用できるに加え、コマンドラインからも利用でき、非常に便利なプログラムである。|
RNA测序-质量控制-快速质量控制

🔰 梯子们 太多了要看呀
官网
霓虹版
知乎版
再补一下看fastQC报告

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