益生菌是一类对人体有益微生物的总称。益生菌的概念最初是在1986年由英国福勒博士提出的，他定义益生菌是一种通过改善肠道微生物平衡，从而对宿主产生有益作用的活的微生物添加剂。

直到2001年联合国粮农组织和世界卫生组织对益生菌作了以下的定义，即益生菌是通过摄取适当的量，对食用者的身体健康能发挥有效作用的活菌。这其中包含了三个要素：活菌、需摄取一定的量以及对宿主产生有益作用。

目前，可以将益生菌大体归为三类：乳杆菌类（如嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌等 )、双歧杆菌类（如长双歧杆菌、短双歧杆菌等 )、革兰氏阳性球菌（如粪链球菌、乳链球菌等 )，另外还有些酵母菌也可归于益生菌中。