本方法适用于Windows系统出现的一小部分问题
下载Rtools
为什么要下载Rtools?因为在楼主多次尝试安装后,发现了一个错误lazy loading failed for package 'RTCGA.clinical'
经过上网检索后发现是因为没有安装Rtools所导致的,安装网址
如果是3.6版本以前的R,请点击这里噢
安装的过程可以参考这一篇文章
Putting Rtools on the PATH
这一步我个人理解是把Rtools放到使用路径上(或者是环境中)
1.打开R
运行下面这句是为了把Rtools放置到环境中(个人理解)
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")</pre>
2.查看结果
完成第一步后要重启R,然后使用下面的语令
如果结果和这个一样就说明放置在环境中的步骤成功了
Sys.which("make")
>"C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"
3.检验
本地安装R包
install.packages("KEGG.db_1.0.tar.gz", type="source")
library("KEGG.db")
完成了上述步骤后就可以安装RTCGA.clinical
了,其他更多的关于TCGA的安装可以看这篇推文
注意上面这篇推文可能因为书写时间太久远,其中source("https://bioconductor.org/biocLite.R") # downloads bioClite function
和
biocLite()
都只是使用于3.5版本以下的,应该改为BiocManager::install()
如果有其他好技巧也可以在评论区留言告诉我噢,大家一起学习进步