感谢博主(https://blog.csdn.net/qq_35548961/article/details/87943407
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*****方法详尽有效 ******
*******特别提醒****** 是要针对实际情况修改自己软件的版本号和安装路径*********
(一)正式安装前的环境配置及程序准备
打开CentOS 7.6系统,进入root用户。
因为后续需要使用yum命令更新系统文件,为避免yum命令下载过慢,我们先将yum的下载镜像更换为国内阿里云镜像。
配置代码如下:
#wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo
#yum makecache
2.32位库环境配置
根据网上流传经验,不安装32位库,将会导致Intel-parallel_studio XE 2019安装过程报错,所以,我们在所有安装开始之前,先配置好所涉及的32位库文件。具体过程如下:
分别使用以下命令,将所查找到的所有文件,使用yum install 文件名更新或安装。
1. root模式32bit 库准备:需要安装.i686文件
1.1yum list libstdc*
yum install libstdc++.i686
yum install libstdc++-devel.i686
yum install libstdc++-static.i686
1.2yum list glibc*
yum install glibc.i686
yum install glibc-devel.i686
yum install glibc-static.i686
1.3yum list libgcc*
yum install libgcc.i686
1.4 Xorg X11 libXss runtime library
yum install libXScrnSaver.i686
————————————————
更新、安装好后再输入这三个命令查看是否已经安装完毕,特别注意以.i686为后缀的文件一定要安装好,那就是32位库文件。
安装好后检查一下,例如,使用 yum list libstdc*命令检查可见,所有安装包都可在Installed Packages一栏中找到。
3. Intel-parallel_studio XE 2019 安装
Intel-parallel_studio XE 2019可以在官网免费注册账户并下载(使用邮箱申请序列号以及license文件。在安装之前准备好有效的License文件,安装过程需要用到)。
官网:https://software.intel.com/en-us/parallel-studio-xe
将Intel-parallel_studio XE 2019安装包与License文件一起放入虚拟机中,打开安装包所在目录终端界面,输入以下命令
#tar -zvxf parallel_studio_xe_2019_update2_cluster_edition.gzip #解压
#cd parallel_studio_xe_2019_update2_cluster_edition #进入intel 2019 的安装目录
#sh install.sh #运行安装脚本
(3)环境变量设置
打开终端界面,输入以下代码,进入~/.brshrc添加环境变量
#vi ~/.bashrc
按方向键↓至文档末尾处,按I进入写入模式加入以下语句:
# intel 2019 environment variable
source /public/software/intel/bin/compilervars.sh intel64
source /public/software/intel/bin/ifortvars.sh intel64
source /public/software/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187:$LD_LIBRARY_PATH
注意:/public/software/intel/部分根据你的安装路径替换。
按ESC退出,输入以下代码保存。
#:wq!
回车后,再输入以下代码更新环境变量设置。
#source ~ /.bashrc
(4)验证是否安装成功
输入 which icc ifort icpc mpiifort 检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。
输入 vi hello.f90,加入下列语句后,ESC,输入:wq!保存。
program main
write(*,*) "hello"
stop
end
继续输入ifort -o hello hello.f90,再输入./hello,屏幕显示hello,说明安装成功,如下图所示。
4. openmpi 3.1.3 的安装
网传可用Intel-parallel_studio XE 2019自带的mpi编译器及fftw库进行编译安装vasp,可惜笔者根据相关教程都未能成功编译,所以,本文教程仍然借助openmpi及fftw来编译vasp5.4.1。一开始,笔者尝试安装了openmpi最新版本4.0.0,可惜在最后编译VASP时会出现不明错误,因此openmpi仅更新至3.1.3 版本。
在终端页面输入 wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.3.tar.gz 下载,完成后逐步输入以下命令:
#tar zxvf openmpi-3.1.3.tar.gz
#cd openmpi-3.1.3/
#./configure --prefix=/public/software/openmpi-3.1.3 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
#make
#make install
注意:/public/software/openmpi-3.1.3为安装目录,可自行替换
(2)环境变量设置
方法同上,在~/.bashrc中加入以下语句:
# openmpi 3.1.3 environment variable
if [ -f /public/software/intel/bin/ifortvars.sh ]; then
source /public/software/intel/bin/ifortvars.sh intel64 2> /dev/null
export MPI=/public/software/openmpi-3.1.3
export PATH=$MPI/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man
export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man
fi
注意:安装路径如有不同请自行替换。
最后输入source ~ /.bashrc,更新环境变量。
(3)验证是否成功安装
输入which mpirun mpif90 检查环境变量是否设置成功,检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。
在openmpi-3.1.3安装包路径中(注意是安装包路径!!),输入以下命令:
#cd examples/
#make
#mpirun --allow-run-as-root -np 2 hello_c # 数字 2 为使用双核运行文件hello_c
5. fftw 3.3.8的安装
在终端界面输入 wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz下载,完成后逐步输入以下命令:
#tar zxvf fftw-3.3.8.tar.gz
#cd fftw-3.3.8/
#./configure --prefix=/public/software/fftw-3.3.8 --enable-mpi F77=ifort F90=ifort
#make
#make install
注意:/public/software//fftw-3.3.8 为安装目录,可自行替换。
(2)环境变量设置
方法同上,在~/.bashrc中加入以下语句:
# fftw 3.3.8 environment variable
export PATH=/public/software/fftw-3.3.8/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/fftw-3.3.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH
注意:安装路径如有不同请自行替换。
最后输入source ~ /.bashrc,更新环境变量。
(3)验证是否成功安装
检查 “/public/software/fftw-3.3.8/lib/libfftw3_mpi.a”文件是否存在,若存在,则安装成功。
6. VASP 5.4.4 的安装
tar -zxvf vasp.5.4.4.tar.gz
cd vasp.5.4.4
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
vi makefile.include
在OFLAG后加入 -xhost
make all
等待半小时左右,bin下出现vasp_std vasp_gam vasp_ncl即为编译完成
最后添加环境变量
vi ~/.bashrc
加入
export PATH=/home/lsh/soft/vasp.5.4.4/bin:$PATH
source /home/lsh/soft/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mpi/intel64/bin/mpivars.sh
同时注意修改自己的软件安装路径
保存退出 wq!
source ~/.bashrc
注意自己安装路径的修改