vasp5.4.4安装教程

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*****方法详尽有效   ******

*******特别提醒****** 是要针对实际情况修改自己软件的版本号和安装路径*********

(一)正式安装前的环境配置及程序准备

打开CentOS 7.6系统,进入root用户。

1.将yum配置为阿里云的镜像

因为后续需要使用yum命令更新系统文件,为避免yum命令下载过慢,我们先将yum的下载镜像更换为国内阿里云镜像。

配置代码如下:

#wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo

#yum makecache

2.32位库环境配置

根据网上流传经验,不安装32位库,将会导致Intel-parallel_studio XE 2019安装过程报错,所以,我们在所有安装开始之前,先配置好所涉及的32位库文件。具体过程如下:

分别使用以下命令,将所查找到的所有文件,使用yum install 文件名更新或安装。

1. root模式32bit 库准备:需要安装.i686文件

1.1yum list libstdc*

yum install libstdc++.i686

yum install libstdc++-devel.i686

yum install libstdc++-static.i686

1.2yum list glibc*

yum install glibc.i686

yum install glibc-devel.i686

yum install glibc-static.i686

1.3yum list libgcc*

yum install libgcc.i686

1.4 Xorg X11 libXss runtime library

yum install libXScrnSaver.i686

————————————————

更新、安装好后再输入这三个命令查看是否已经安装完毕,特别注意以.i686为后缀的文件一定要安装好,那就是32位库文件。

安装好后检查一下,例如,使用 yum list libstdc*命令检查可见,所有安装包都可在Installed Packages一栏中找到。

3. Intel-parallel_studio XE 2019 安装

(1)程序准备

Intel-parallel_studio XE 2019可以在官网免费注册账户并下载(使用邮箱申请序列号以及license文件。在安装之前准备好有效的License文件,安装过程需要用到)。

官网:https://software.intel.com/en-us/parallel-studio-xe

(2)安装过程

将Intel-parallel_studio XE 2019安装包与License文件一起放入虚拟机中,打开安装包所在目录终端界面,输入以下命令

#tar -zvxf parallel_studio_xe_2019_update2_cluster_edition.gzip #解压

#cd parallel_studio_xe_2019_update2_cluster_edition #进入intel 2019 的安装目录

#sh install.sh #运行安装脚本

(3)环境变量设置

打开终端界面,输入以下代码,进入~/.brshrc添加环境变量

#vi ~/.bashrc

按方向键↓至文档末尾处,按I进入写入模式加入以下语句:

# intel 2019 environment variable

source /public/software/intel/bin/compilervars.sh intel64

source /public/software/intel/bin/ifortvars.sh intel64

source /public/software/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64

export PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187/linux/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/intel/compilers_and_libraries_2019.2.187:$LD_LIBRARY_PATH

注意:/public/software/intel/部分根据你的安装路径替换。

按ESC退出,输入以下代码保存。

#:wq!

回车后,再输入以下代码更新环境变量设置。

#source ~ /.bashrc

(4)验证是否安装成功

输入 which icc ifort icpc mpiifort 检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。

输入 vi hello.f90,加入下列语句后,ESC,输入:wq!保存。

program main

write(*,*) "hello"

stop

end

继续输入ifort -o hello hello.f90,再输入./hello,屏幕显示hello,说明安装成功,如下图所示。

4. openmpi 3.1.3 的安装

网传可用Intel-parallel_studio XE 2019自带的mpi编译器及fftw库进行编译安装vasp,可惜笔者根据相关教程都未能成功编译,所以,本文教程仍然借助openmpi及fftw来编译vasp5.4.1。一开始,笔者尝试安装了openmpi最新版本4.0.0,可惜在最后编译VASP时会出现不明错误,因此openmpi仅更新至3.1.3 版本。

(1)程序准备

在终端页面输入 wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.3.tar.gz 下载,完成后逐步输入以下命令:

#tar zxvf openmpi-3.1.3.tar.gz

#cd openmpi-3.1.3/

#./configure --prefix=/public/software/openmpi-3.1.3 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort

#make

#make install

注意:/public/software/openmpi-3.1.3为安装目录,可自行替换

(2)环境变量设置

方法同上,在~/.bashrc中加入以下语句:

# openmpi 3.1.3 environment variable

if [ -f /public/software/intel/bin/ifortvars.sh ]; then

        source /public/software/intel/bin/ifortvars.sh intel64 2> /dev/null

        export MPI=/public/software/openmpi-3.1.3

        export PATH=$MPI/bin:$PATH

        export LD_LIBRARY_PATH=$MPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH

        export MANPATH=$MANPATH:$MPI/share/man

        export INFOPATH=$INFOPATH:$MPI/share/man

fi

注意:安装路径如有不同请自行替换。

最后输入source ~ /.bashrc,更新环境变量。

(3)验证是否成功安装

输入which mpirun mpif90 检查环境变量是否设置成功,检查环境变量是否设置成功,成功则显示路径。

在openmpi-3.1.3安装包路径中(注意是安装包路径!!),输入以下命令:

#cd examples/

#make

#mpirun --allow-run-as-root -np 2 hello_c # 数字 2 为使用双核运行文件hello_c

5. fftw 3.3.8的安装

(1)程序准备

在终端界面输入 wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz下载,完成后逐步输入以下命令:

#tar zxvf fftw-3.3.8.tar.gz

#cd fftw-3.3.8/

#./configure --prefix=/public/software/fftw-3.3.8 --enable-mpi F77=ifort F90=ifort

#make

#make install

注意:/public/software//fftw-3.3.8 为安装目录,可自行替换。

(2)环境变量设置

方法同上,在~/.bashrc中加入以下语句:

# fftw 3.3.8 environment variable

export PATH=/public/software/fftw-3.3.8/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/fftw-3.3.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH

注意:安装路径如有不同请自行替换。

最后输入source ~ /.bashrc,更新环境变量。

(3)验证是否成功安装

检查 “/public/software/fftw-3.3.8/lib/libfftw3_mpi.a”文件是否存在,若存在,则安装成功。

6. VASP 5.4.4 的安装

tar -zxvf vasp.5.4.4.tar.gz

cd vasp.5.4.4

cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include

vi makefile.include

在OFLAG后加入 -xhost

make all

等待半小时左右,bin下出现vasp_std vasp_gam vasp_ncl即为编译完成

最后添加环境变量

vi ~/.bashrc

加入

export PATH=/home/lsh/soft/vasp.5.4.4/bin:$PATH

source /home/lsh/soft/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mpi/intel64/bin/mpivars.sh

同时注意修改自己的软件安装路径

保存退出  wq!

source ~/.bashrc

注意自己安装路径的修改

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