群体结构推断软件FastStructure安装的详细指南

此款软件是基于SNP位点进行群体结构的推断，运行速度比较快一些，本文主要介绍它的详细安装步骤。
一、安装fastStructure的依赖包和库：Cython，Scipy，Numpy，matplotlib，gsl（GNU Scientific Library）

①sudo apt-get install cython

②sudo apt-get install python-scipy

③sudo apt-get install python-numpy

④sudo apt-get install python-matplotlib

⑤sudo apt-get install libgsl0-dev

二、安装fastStructure

  1. wget --no-check-certificate https://github.com/rajanil/fastStructure/archive/master.tar.gz
  2. tar -zxvf master.tar.gz
  3. rm master.tar.gz
    4.cd fastStructure-master/
    5.python2 setup.py build_ext --inplace
    6.cd vars/
    7.python2 setup.py build_ext --inplace
    8.whereis matplotlibrc
    9.若是默认安装则会显示/etc/matplotlibrc
    10.sudo chmod 777 /etc/matplotlibrc
    11.查看 /etc/matplotlibrc并修改为backend :agg
  4. END!
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