blast是生物信息分析中比较常用的软件.

sequenceserver

最近想搭建一个局部的web界面的blast,搜到了sequenceserver.
软件有一些bug,但是它会让你熟悉blast的整个流程,有参考价值.

blastn

查询序列和数据库序列相同,为:

>a
AGCTAGCT
>b
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>c
AATAAGCACCAGCAGTTGAAATACAGTCGGTTGAAAACTTGCCGGGTCGGGTGAAATGCG

blastn命令

makeblastdb -in $fa -parse_seqids -dbtype nucl
blastn -db $db -query $fa -evalue 1e-5 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 -num_threads 1 > $out

结果为:

c c 100.00 60 0 0 1 60 1 60 2e-30 111

只有c序列比对上了;为什么a,b序列都没有比对上?