Linux环境下安装软件
conda是Linux的应用商店,因此要安装软件,需下载一个miniconda
miniconda下载流程:
检查是否有bzip2压缩软件,无则输入yum install -y bzip2安装
进入biosoft目录:cd biosoft
搜索miniconda下载网址,复制下载链接到目录下
然后 bash Miniconda3-latest-Linux-x86.sh,一直ENTER到YES
激活conda:source ~/.bashrc
添加镜像来加快下载速度:conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
查看软件列表
搜索软件并安装:conda install 软件名称,后Y同意
同时安装多个软件
查看conda有哪些环境:conda info --envs
建立环境:conda create -n 软件名称 python=3 软件名称 trimmomatic -y
激活新的conda环境:source activate rna-seq