全成本核算，意即将对所有跟收入有关的成本、费用进行全面核算。核算的目的，就是要准确计量、合理匹配。
现在的医院，业务科室大多都实行承包制或业绩考核制，最明显的地方就是：“划小核算单位“、按科室独立核算收支。
在这里，将医院科室的费用分为两种。一种是直接费用，包括科室自身的人力费用、药品耗费、卫材费用、固定资产折旧、无形资产摊销、提取的医疗风险基金和其它；另一种则是间接费用，即来自医院行政后勤、其它医疗辅助部门的费用。
先说说科室直接费用。其中：
人力费用，包括工资、奖金、补助、福利、五险一金；
药品费用，包括西药、中成药、中草药；
卫生材料，包括血费、氧气费、放射材料费、化验材料费、手术器械耗费、介入器械费及其他卫生材料费；
固定资产折旧费，包括专用设备（CT、核磁、B超、监测仪等）、一般设备（桌、椅、柜、空调、电视）、房屋（门疹楼、病房楼、医疗技术楼）等折旧费。
无形资产摊销，包括购置软件、信息化建设成本的摊销费。
提取医疗风险基金，按科室医疗收入的千分之一提取医疗风险成本，用于医疗事故争议、纠纷及赔偿等
其它，即除上述费用以外的其它费用。包括办公费、物业费、差旅费、会议费、公务接待费、印刷费、手续费、水电费、公务车辆使用维护费等。
再看间接费用，它参照工业企业辅助成本分摊的方法进行分摊。
首先，将医院科室分为四大类，包括临床服务类（门诊、住院）、医疗技术类（化验、B超）、医疗辅助类（锅炉房、煎药室等）和政政管理类（办公室、财务室）。
其次，将医院的水、电、暖、物业费等公共费用，分摊至各科室；分摊标准可选择人头、使用面积、工作量等。
然后，将行政管理类科室的总费用分推至医疗辅助科室，分摊标准有科室人头、工作量、面积、科室收入等。
再后，将医疗辅助类科室的总费用分摊至医疗技术类科室，分摊标准有科室人头、工作量、科室收入等。
最后，将医疗技术类科室的总费用分摊至临床类科室，分摊标准有科室人头、工作量、科室收入等。
最终，医院所有的费用，都通过各科室直接产生的费用和间接分摊的费用，分解到了各个科室。从而，反映医院各考核科室的相对真实的经营成果。
