在线安装
1）CRAN的包
R的官方包仓库（Comprehensive R Archive Network, CRAN）提供了大量的开源R包，使用install.packages()函数可以直接从CRAN安装包。
install.packages("ggplot2") # 安装单个包
install.packages(c("ggplot2", "dplyr")) # 安装多个包
参数说明
- lib 指定安装包的路径。如果不指定，默认安装到.libPaths()的第一个路径。
- repos 指定下载包的仓库的 URL。如果不设置，R 会自动使用默认的 CRAN 镜像。也可以自定义镜像源。
- dependencies 控制是否安装依赖包。如果设置为 TRUE，会安装所有依赖包。如果为 NA，则会安装包所需的默认依赖包，值可以是TRUE、FALSE或NA。
- type 用于指定安装包的类型。可以是 "source"（从源代码安装）或 "binary"（安装二进制文件）。
2）Bioconductor的包
Bioconductor是一个专门为生物信息学和基因组学开发的R包仓库，使用Bioconductor安装包需要先安装并加载BiocManager。
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))
参数说明
- version 指定要使用的 Bioconductor 版本。通常默认是安装当前 R 版本对应的最新 Bioconductor 版本，但你可以手动指定安装特定版本。
- ask 控制在安装包之前是否询问用户确认。如果设置为 TRUE，在更新或安装包之前会提示用户确认。默认行为根据交互式会话自动决定（交互式会话时为 TRUE，非交互式会话时为 FALSE）。
- update 如果为 TRUE，则在安装指定包的同时检查并更新所有已安装的 Bioconductor 包。如果为 "all"，则更新所有包，不仅限于 Bioconductor 包；如果为 FALSE，则不会更新任何包。
- force 如果设置为 TRUE，则强制重新安装指定的包，即使这些包已经是最新版本。默认是 FALSE，即只有在包不是最新版本时才进行安装或更新。
- dependencies 控制是否安装包的依赖项。如果设置为 TRUE，则安装该包的所有依赖项（包括可选依赖）；如果为 NA，则只安装默认的依赖项；如果为 FALSE，则不安装任何依赖项。
- repos 指定安装 CRAN 包的镜像地址。该参数不会影响 Bioconductor 包的安装，因为 Bioconductor 包会自动从 Bioconductor 的镜像中下载。如果安装 CRAN 包时想使用特定的 CRAN 镜像，可以设置该参数。
3）github的包
如果某个R包还没有发布到CRAN或者Bioconductor上，开发者通常会将代码托管在GitHub上，要从GitHub安装包，你需要首先安装devtools包（或remotes包），然后使用install_github()函数。
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")
本地安装
如果你已经下载了R包的源代码或二进制文件（通常为.tar.gz或.zip格式），你可以通过install.packages()函数指定文件路径来安装。
## R环境中安装
install.packages("/path/to/package.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
install.packages("/path/to/package.zip", repos = NULL)
devtools::install_local("/path/to/package.tar.gz")
remotes::install_local("/path/to/package.tar.gz")
## 命令行安装
R CMD INSTALL package.tar.gz
R CMD INSTALL /path/to/package.zip
R CMD INSTALL --configure-args="--with-optional-feature" package.tar.gz
R CMD INSTALL package1.tar.gz package2.tar.gz
