| 简写 | 方法名 |
|---|---|
| ML，Maximum Likelihood | 极大似然法 |
| NJ，Neighbor Joining | 邻接法 |
| MP，Maximum Parsimony | 最大简约法 |
| ME，Minimum Evolution | 最小进化法 |
| Bayesian | 贝叶斯分析 |
| UPGMA | 非加权组平均数 |
一般最常用的是贝叶斯，其次是ML和MP
在使用NJ过程中容易产生LBA Long-branch attraction(长吸枝现象)
对于NJ和ML分析蛋白质序列选择 Poisson Correction 泊松修正
核酸序列选择 Kimura 2-parameter kimura-2参数
Bootstrap>70 认为构建的进化树较为可靠
进化树构建常用软件.png
序列比对建议用ClustalX
建NJ或MP树，用MEGA就可以了，非常方便
若要建ML树推荐用phyML
建Bayes树推荐用Parallel MrBayes
