这部童话的主人公是瑞典南部乡村的一个14岁男孩尼尔斯,他的父母都是善良勤劳而又十分贫困的农民,但尼尔斯非常顽皮,他不但不喜欢学习,还经常恶作剧,欺负小动物们 。
在一个初春,他的父母上教堂去了,他一个人在家里,意外发现了一个小精灵。因为捉弄了小精灵,被小精灵变成一个拇指大的小人儿。他十分着急,求助家里的宠物们帮他找到小精灵,让他把自己变回原来的样子。却因为之前经常捉弄家里的动物而遭到小动物们的报复。就在他决定痛改前非的时候,家里养的一只叫莫顿的雄鹅却扑腾着翅膀想要和天上的大雁们一起迁徙,尼尔斯想要挽留雄鹅莫顿,却被一块带到了空中。
骑在雄鹅背上的尼尔斯跟着大雁门走南闯北,一直飞到最北部的拉普兰省。他认识了大雁群的领头雁阿卡,(虽然一开始阿卡要赶走他)后来救了她一命;当雁群经过维牧布湖时,尼尔斯又在农庄上救了被关在笼子里的松鼠妈妈的孩子;再之后雄鹅被几个孩子抓走,也是尼尔斯奋不顾身救下了它,他帮了雁群这么多忙,雁群的首领,大雁阿卡,终于同意尼尔斯跟他们一起进行到拉普兰省的旅行了。
尼尔斯在这次奇异的漫游中,增长了许多的见识,结识了许多的朋友,也听了许多的故事和传说。经历了种种的困难和危险,尼尔斯养成了诚实守信,坚强勇敢,助人为乐等优秀品质,最后当他和雁群告别,返回家乡的时候,也变回了原来的样子。