皇上正泛舟于海池，李世民派尉迟敬德入宫宿卫，尉迟敬德身披铠甲，手持长矛，直奔皇上所在。皇上大惊，问：“今天作乱的是谁？你来做什么？”回答说：“秦王因为太子、齐王作乱，举兵诛杀他们，恐怕惊动陛下，派臣来宿卫。”皇上对裴寂等人说：“想不到今天看见这事，怎么办？”萧瑀、陈叔达说：“李建成、李元吉本来当初就没有参与起义行动，又无功于天下，嫉妒秦王功高望重，共为奸谋。如今秦王已经讨而诛之，秦王功盖宇宙，率土归心，陛下如果封他为太子，把国务委托给他，也就没事了。”皇上说：“善！这也是我的本心。”当时宿卫及秦府兵与二宫左右还在交战，尉迟敬德请皇帝降下手敕，令诸军并接受秦王处分，皇上听从。天策府司马宇文士及从东上阁门出宫宣敕，众人然后平定。皇上又派黄门侍郎裴矩到东宫晓谕诸将卒，全都罢散。皇上于是召见李世民，抚慰他说：“近日以来，几乎有了投杼之惑。”李世民跪伏在皇帝胸前，号泣恸哭很久。
李建成的儿子们，安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子们，梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，全部被杀，并开除皇室户籍。
当初，李建成许诺李元吉以正位之后，立他为太弟，所以李元吉为他尽死力。诸将想要杀光李建成、李元吉左右一百余人，抄没他们的家产，尉迟敬德坚决争执说：“罪在二凶，既已伏诛；如果再牵连他们的支党，这不是求天下安定的办法。”于是停止。当天，皇帝下诏，大赦天下。凶逆之罪，止于李建成、李元吉，其余党羽，一概不问。所有和尚、尼姑、道士、道姑，一律恢复原状（本年四月下诏还俗）。国家政事，都由秦王处分。
六月五日，冯立、谢叔方都自己出来了；薛万彻逃亡藏匿，李世民屡次派人晓谕他，这才出来。李世民说：“这都是忠于自己的职责，是义士。”释放他。
六月七日，立李世民为皇太子。又下诏说：“自今往后，军国政事，无论大小，全部委托太子处决，然后闻奏。”
司马光曰：
立嫡以长子，这是正礼。但是，高祖之所以有天下，都是太宗之功；隐太子以庸劣之资，而居于其上，双方都处于相互猜疑和逼迫的地位，必定不能相容。如果高祖有文王之明，隐太子有泰伯之贤，太宗有子臧之节，那乱事也不会发生！既然都做不到，太宗开始时想要等太子先发动，然后回应，如此，则责任不在自己一方，算是最好的结果。既而为群下所迫，以至于蹀血宫禁之门，手刃一母同胞，收到千秋万代的抨击，实在可惜！创业垂统之君，是子孙说效仿的榜样，之后唐中宗、玄宗、肃宗、代宗的传继，岂不是都是有这个榜样在哪里，让他们找到了借口吗！
华杉曰：
玄武门之变，责任主要在李渊，只有他能解决这个问题，避免家门惨祸。但是，他的性格，就是没有“定心丸”，他自己定不了心，别人也就没法定心。李世民上密奏，指控李建成、李元吉，他说第二天当面对质审理，但是所有人都知道，不管审理结果如何，他睡一觉起来就可能改变主意。所以，他的三个儿子，就只能自己解决。尘埃落定之后，他跟李世民说自己近来几乎有“投杼之惑”，是引用典故，有人告诉曾参的娘说曾参杀人，正在织布的娘相信了，扔下机杼逃走了。这典故用得不恰当，李世民此刻已经把两个兄弟杀了，案子还没审呢！
司马光说得对，李渊不是大智慧的周文王，李建成不是能让国的吴太伯，李世民也不是能拒绝继位的曹臧，一场你死我活的斗争，就非来不可。李世民想要等太子先发动，但是“先下手为强”，要“后发制人”，他没那个把握，而他的手下们，个个危若累卵，如惊弓之鸟，出于自保，必须先动手不可。无可奈何之下，他只能冒天下之大不韪，手刃同胞兄弟了。
司马光说李世民立了一个坏榜样，以至之后唐中宗、玄宗、肃宗、代宗的传继，都是流血政变，他是指武则天病危时，李显夺回政权，是为唐中宗。李隆基协助父亲李旦，铲除韦皇后和安乐公主，把李重茂赶下台，由李旦继位，之后传给李隆基，是为唐玄宗。太子李亨被父皇李隆基猜忌，趁安史之乱，自己称帝，是为唐肃宗。太子李豫原本与张皇后对立，趁父皇李亨病危，联合宦官，就在李亨病榻前，逮捕张皇后，不久李亨病逝，李豫继位，是为唐代宗。
不过，司马光没有讲到，玄武门这个坏榜样，也让后世子孙学到了教训，就在唐玄宗李隆基身上。李隆基发动政变，让父亲李旦即位。但是李隆基并非李旦长子，按礼法，应该是长子李成器为太子。但是，李成器知道天下不是自己打下来的，坚决推辞，让给李隆基。李成器安享荣华富贵，不交朋结友，不干预朝政，终身得到李隆基敬重，他死后之后，李隆基给他谥号为“让皇帝”。李隆基被封为太子之后，与当初发动政变的盟友太平公主争权，太平公主利用李隆基不是长子的缺陷，想要搞掉他，另立太子。李旦夹在他二人之间，干脆禅位给李隆基，自己做太上皇，确立了李隆基的地位。
所以，如果李渊能像李旦，李建成能像李成器，一家人还可以整整齐齐。一家人怎么能和睦呢？就一个字——让！只要有一个人能让，就没问题；都不让，就比仇人还恶！
27、
六月十二日，任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。齐王府金银财宝，全部赏赐给尉迟敬德。
当初，太子洗马魏徵常劝太子李建成早日铲除秦王，等到李建成败亡，李世民召见魏徵，对他说：“你为何离间我兄弟！”众人都为他感到危惧，魏徵举止自若，回答说：“先太子早听魏徵的话，必定就没有今日之祸。”李世民一向敬重他的才能，改容礼遇，任命他为詹事主簿。也召来王珪、韦挺于巂州，都任命为谏议大夫。
李世民下令释放皇家猎苑中的猎鹰、猎犬，取消四方贡献，垂听百官各自陈说治国之道，政令简单，雷厉风行，朝廷和地方官员百姓，都大为喜悦。
任命屈突通为陕东大行台左仆射，镇守洛阳。
益州行台仆射窦轨与行台尚书韦云起、郭行方有矛盾。韦云起的弟弟韦庆俭及宗族多事奉太子李建成，李建成死，窦轨诬陷韦云起与李建成一起谋反，将他逮捕斩首。郭行方惧怕，逃奔京师，窦轨追捕，没有赶上。
28、
吐谷浑入寇岷州。
29、
突厥入寇陇州；六月十五日，入寇谓州。朝廷派右卫大将军柴绍迎击。
30、
废除益州大行台，设置大都督府。
31、
六月十六日，皇上以手诏赐给裴寂等人说：“朕当加尊号为太上皇。”
32、
六月二十五日，幽州大都督庐江王李瑗造反，右领军将军王君廓杀了他，将首级送到京师。
当初，皇上认为李瑗懦怯，不是将帅之才，派王君廓辅佐他。王君廓是强盗出身，勇悍险诈，李瑗推心置腹倚靠他，并许诺和他联姻。太子李建成谋害秦王，秘密与李瑗相结。李建成死，皇帝下诏，派通事舍人崔敦礼乘坐驿马车去召李瑗。李瑗心中不能自安，与王君廓商量。王君廓想要取李瑗人头，作为自己的功劳，于是建议他说：“大王如果进京，必定不能保全。如今拥兵数万，为什么要接受一个使者的召唤，就自投罗网呢！”然后和他相对哭泣。李瑗说：“我今天就把生命托付给你，决定举事！”于是劫持崔敦礼，问他京师机密事情；崔敦礼不屈，李瑗将他囚禁，派使者乘驿马车到各地征兵，并且召燕州剌史王诜到蓟城，与他共商大计。兵曹参军王利涉对李瑗说：“王君廓反覆小人，不能把权柄委任给他，应该早日铲除，以王诜替代他。”李瑗不能决断。王君廓已经知道消息，前去见王诜，王诜正在洗澡，握着头发出来，王君廓亲自将他斩首，拿着他的首级出来告诉众人说：“李瑗与王诜同反，囚执皇帝敕使，擅自征兵。如今王诜已经伏诛，独有李瑗，成不了事的。你们是愿意跟随李瑗被灭族呢，还是跟从我以取富贵呢？”众人都说：“愿从公讨贼。”王君廓于是率其麾下一千余人，翻越西城而入，李瑗没有察觉；王君廓先到监狱，救出崔敦礼，李瑗这才知道事变发生，仓促率左右数百人披甲而出，在门外与王君廓遭遇。王君廓对李瑗的部众说：“李瑗为逆，你们要跟随他跳下火坑吗！”众人都抛下兵器溃散。只剩李瑗一个人，骂王君廓说：“小人卖我，很快就有报应！”于是逮捕李瑗，缢杀。
六月二十六日，任命王君廓为左领军大将军兼幽州都督，把李瑗的家人赏赐给他做奴仆婢女。崔敦礼，是崔仲方的孙子。
33、
六月二十九日，撤销天策府。
