我这里考虑的两个数组均是升序排序，当然降序的两个数组进行合并算法是类似的。

下面有两段相似的代码，第一段除了返回合并后的有序数组还将这两个有序数组清空了，该算法的思路是始终比较两个数组的首元素大小，然后将小者 shift 出来 push 到结果数组中去，因为总是会将数组首元素较小的那个移出，故不用改变比较数组的索引值，一直固定为 0 就行了。最后不要忘记将长度值大于 0 的数组中的元素移出放置到结果数组中。

/* 清空了原来的两个有序数组 */
function mergeTwoSortedArr (arr1, arr2) {
  var retArr = [];
  /* 遍历比较两个数组的首元素大小，小者 shift 出来 push 到结果数组中去 */
  while (arr1.length > 0 && arr2.length > 0) {
    if (arr1[0] < arr2[0]) {
      retArr.push(arr1.shift());
    } else if (arr1[0] > arr2[0]) {
      retArr.push(arr2.shift());
    } else {
      retArr.push(arr1.shift());
      retArr.push(arr2.shift());
    }
  }
  /* 将数组（最多有一个）剩余元素移出放置到结果数组中 */
  while (arr1.length > 0) {
    retArr.push(arr1.shift());
  }
  while (arr2.length > 0) {
    retArr.push(arr2.shift());
  }
  return retArr;
}

// 示例
var arr1 = [2, 3, 5];
var arr2 = [3, 4, 7, 9];
console.log(mergeTwoSortedArr(arr1, arr2));   // [2, 3, 3, 4, 5, 7, 9]

第二段代码则没有影响原来的两个有序数组，通过遍历比较两个数组当前元素的大小，小者 push 到结果数组中去，相应数组索引加一，然后再进行循环比较。同样，最后不要忘记将未遍历过的数组元素复制到结果数组中。

/* 未对原来的两个有序数组做改动 */
function mergeTwoSortedArr (arr1, arr2) {
  var retArr = [];
  var len1 = arr1.length;
  var len2 = arr2.length;
  var i = 0, j = 0;
  /* 遍历比较两个数组当前元素的大小，小者 push 到结果数组中去，相应数组索引加一 */
  while (i < len1 && j < len2) {
    if (arr1[i] < arr2[j]) {
      retArr.push(arr1[i]);
      i++;
    } else if(arr1[i] > arr2[j]) {
      retArr.push(arr2[j]);
      j++;
    } else {
      retArr.push(arr1[i], arr1[i]);
      i++;
      j++;
    }
  }
  /* 将数组（最多有一个）剩余元素 push 到结果数组中 */
  for (; i < len1; i++) {
    retArr.push(arr1[i]);
  }
  for (; j < len2; j++) {
    retArr.push(arr2[j]);
  }
  return retArr;
}

// 示例
var arr1 = [2, 3, 5];
var arr2 = [3, 4, 7, 9];
console.log(mergeTwoSortedArr(arr1, arr2));   // [2, 3, 3, 4, 5, 7, 9]

注：上面两段代码算法的最后一步最多还要对一个数组进行操作——将其中的元素 push 到结果数组中去，因为之前的循环终止条件就是至少有一个数组已经遍历结束。