Genome-wide dissection of changes in maize root system architecture during modern breeding
a、在GWAS面板中，关联人群中RSA的差异，4个环境（2个地点×2年）的380个玉米自交系的根系结构性状进行了表型分析，对每个样本测量8个根性状：开根角（ROA）、顶根角（RTA）、底根角（RBA）、根系统中间宽度（RMEW）、根系最大宽度（RMAW）、校正后的根宽度（ROIW）、投影根面积（AREA）和根凸壳面积（ACH）
b、中国不同时期玉米ROA、RMEW和AREA的价值，我们将该关联面板的中国自交系分为三个亚组4（方法）。与早期的自交系相比，新释放的自交系的根角更陡，根宽更窄
c、中国玉米育种中不同时期产生的代表性自交系，在我国现代育种过程中，玉米的根系结构可能变得更陡更窄，这些根系结构特征被提出促进玉米水分和氮吸收，提高对高密度种植的适应性
a、用GWAS分析的8个根性状的曼哈顿图谱。一些已知的基于GWAS和共表达分析。在我们的GWAS结果中发现，ZmRSA3.1与根相关基因共定位，相关位置在ACH和RMEW的50 kb内，而ZmRSA3.2与ROIW和RMAW共定位。snp（Fisher精确检验，P < 0.01）。利用CMLM模型计算了图2a中标记的已知雄穗5.0根相关基因的P值
鉴定了与8个根系性状相关的单核苷酸多态性（SNPs）
b、将这些snp在染色体上面的分布用图细致描绘
a、检测现代玉米育种过程中根系相关基因的间接选择，在现代中国的育种、驯化和改良过程中，分别筛选出GWAS候选基因81个、93个和59个基因
b、通过分析三个现代育种时代的全基因组选择信号，我们发现五，三个和七个已知的根相关基因间接选择在CN1980和90年代与CN1960和70年代，CN2000和10年代和CN1960和70年代，CN2000和10年代和CN1980和90年代，与驯化、改良和现代中国育种相关的显著GWAS位点和选择性扫频之间共享的基因数量
c、在CN1980和90s与CN1960和70s、100s、CN2000和10s、CN2000和90s的三个繁殖时期，分别选择了71、24和41个GWAS候选基因
a、不同育种时期玉米自交系60、70年代（=9）、1980、90年代（=80-80）和2000年（=4）中与陡峭根结构相关的有利等位基因数量
b、在GWAS鉴定的杂交种中，我们发现，在现代育种过程中，杂交基因所携带的有利等位基因的总数也显著增加
c、两个位点上，T等位基因变异与较小的根系角度、宽度和面积相关
d、在8个亲本中，叶丹13（YD13）、农大108（ND108）、正丹958（ZD958）和仙玉335（XY335）分别携带CT/CT、CT/TA、TT/CT和TT/TT等位基因组合。因此，4个杂交种所携带的有利等位基因(T)数分别为2、2、3和4个
a、b、根结构图像(a)和统计(b)，显示野生型和ZmRSA3.1和ZmRSA3.2过表达植物的ROA和根深度（深度）。为了获得整个玉米根系，在成丝阶段进行根系挖掘，当玉米根系不再肉眼可见时停止挖掘。“n”表示生物学上独立的样本的数量。条形图表示平均± s.d。
c，ZmRSA3.1和ZmRSA3.2的亚细胞定位分析。有代表性的图像被显示出来。每个实验独立重复四次，结果相似。比例尺，10 μm
d，野生型和ZmRSA3.1和ZmRSA3.2过表达植株的IAA浓度
e、ZmRSA3.1与zmarf之间的相互作用，（ZmARF4和ZmARF29）和ZmRSA3.2和ZmIAA38之间的关系通过酵母双杂交试验表明。ZmRSA3.1和ZmRSA3.2的编码序列连接到pGBKT7载体生成pGBKT7-ZmRSA3.1和pGBKT7-ZmRSA3.2诱饵载体（BD-ZmRSA3.1和BD-ZmRSA3.2），编码序列ZmARF4ZmARF29和ZmIAA38连接到猎物载体pGADT7生成pGADT7-ARF4、pGADT7-ARF29和pGADT7-IAA38（AD-ARF4、AD-ARF29和AD-IAA38）。以载体pGBKT7p53/pGADT7-T和pGBKT7-Lam/pGADT7-T作为阳性对照和阴性对照（分别为Lamin-T和53-T）
f、从野生型和ZmRSA3.1和ZmRSA3.2过表达植物的根系转录组分析中得到的DEGs数量的维恩图。双尾学生t检验的P值用b和d表示。
以往的研究表明，玉米的RSA在驯化和改良过程中经历了显著的变化20-24。例如，两个已知的驯化基因（tb1和tga1）已被报道调控玉米根系的发育22,31。到目前为止，还没有进行系统的识别和比较，
