学习小组Day7笔记--LA

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2

3

常用数据类型

  • DNA序列表征
    1

    A =腺嘌呤
    C =胞嘧啶
    G =鸟嘌呤
    T =胸腺嘧啶
    U =尿嘧啶
    R = GA(嘌呤)
    Y = TC(嘧啶)
    K = GT(酮)
    M = AC(氨基)
    S = GC
    W = AT
    B = GTC
    D = GAT
    H = ACT
    V = GCA
    N = AGCT(任何)
  • fastaq:保存生物序列(通常是核酸序列)和其测序质量信息的标准格式,一般都包含有4行。
    第一行:@+ID号
    第二行:碱基序列
    第三行:+,序列的描述信息
    第四行:第二行的序列质量评价


    fastq
  • fasta:序列信息
    第一行:>+ID
    第二行:序列

两种格式可以相互转化

  • GenBank格式


    image.png
  • EMBL格式


    image.png
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