linux环境下的软件安装

今日内容重实操，笔记从略，记录要点

初识conda

• conda——anaconda——miniconda

• 搜索 miniconda 清华，进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，
  选择匹配版本下载，注意后缀.sh

• wget + 下载链接（后缀为.sh） 即开始下载
  wget -P/tmp ftp://user:passwd@url/file

  把文件file下载到/tmp目录下

• 安装指令： bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 激活，切记！ source ~/.bashrc

• 若不成功，删除miniconda目录，不需重新下载，只需重新安装

添加镜像

清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

中科大镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

• conda list 显示软件列表
• conda search fastqc 搜素软件
• conda install fastqc -y安装软件
  conda install fastqc=0.11.7 -y 指定版本安装
• conda remove fastqc -y 卸载软件

设置环境

• conda info --envs 查看当前conda有哪些环境，带*号者为当前默认环境
• conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
• conda activate rna-seq 激活新环境，conda deactivate为退出环境