东晋建立后面对北方少数民族上层首领的事业中援，不仅无益收复失地，反而接纪连发生了多次争权夺利的矛盾斗争。王敦之乱 王敦是王导除凶，西晋末年曾任扬州刺史。东晋建立后，他击杀了朱兄，荆州刺史王成一阵，武昌全为日重。永昌元年，他又起兵武昌，攻入建康，晋元帝司马攸忧愤而死，其子司马昭即位。是为晋明帝。两年以后，王敦在年老病笃之时，任帅兵进攻健康，被苏骏和祖约击败，王敦病死。
苏峻、祖约之乱 王敦之乱被平定后，原临淮太守苏峻以功被封冠军将军、历阳内史，元豫州刺史，祖约被封镇西将军，屯住寿春。不久晋明帝死，其子司马衍继位，是为晋成帝，年仅五岁，有太后之兄庾亮，专决政事。苏、祖二人心怀不满，岁于咸和二年起兵叛乱，兵败被杀。
咸康五年，东晋丞相和外戚庾亮相继死去，晋城地税以桓温为荆州刺史，都督荆梁四州诸军事。桓温有雄才，并极富有野心。他从进墓地永和二年以后，曾三次进行北伐。同年冬，他率军树江而上指导成都，一举消灭了陈汉，夺回了梁、益二州；永和十年，他又率部兵4万攻入关中，兵锋直至灞上，后因粮草不继，只得退军；晋废帝太和四年桓温帅不骑5万北伐前燕前锋进至距燕都邺城仅二百余里的枋头，后因运粮水道被祖，只得退兵。随着军功不断增多，桓温野心越来越大。太和六年，他废掉了晋帝司马奕，立司马昱为简文帝。二年后司马昱死，孝武帝司马曜继位。这叶桓温已重病不起，但仍要晋文帝加赐九锡。宁康元年，桓温时，东晋大权归司徒谢安执掌。
