最近很多师弟师妹和我讲，老师安排他们做生物信息学分析，但是不知道从何入手学习，每每翻开一本本厚厚的教程，总是提不起兴趣。我一直觉得，基础生物信息学分析是一件“会者不难，难者不会”的事情，因此，想要学习生物信息学分析，入门真的非常重要！入门以后就可以融汇贯通，完成基础、简单的分析。

很多人一进实验室，师兄师姐就会扔给他一本《鸟哥的Linux私房菜：基础学习篇》，让学Linux。掌握Linux对于我们以后的学习是十分重要的，因为相关分析工具大多没有可视化界面，需要使用命令行进行操作。下面，我整理了几个我常用的命令，帮助大家掌握基本的Linux操作。

使用Windows 10 的同学可以在电脑里安装Linux子系统（Ubuntu），具体教程在下面的链接里，大家可以按照步骤安装。

在新版 Win10 中启用 Linux Bash 环境-百度经验

安装完成后，在命令行界面输入“bash"，即可进入Linux子系统。

当我们开始一项新的分析任务时，最先要做的就是建一个目录存放我们的相关文件。

这时，我们可以使用命令“mkdir 目录名”完成目录的创建。

使用“ls -al”或者"ll"可以查看所在目录下的文件和文件夹，我们可以输入命令查看文件夹是否创建，然后练习简单的文件操作命令。

下面是我们常用的一些文件操作命令：

# 切换（进入）目录cd 目录名# 查看当前位置pwd# 返回上一目录cd .. # 返回home目录cd ~# 删除文件（目录）rm 文件名rm -r 目录名# 更改文件（目录）名字mv 原文件 新文件名mv 原目录名 新目录名# 移动文件（目录）mv 文件（目录） 新位置# 复制文件（目录）cp 文件 新位置cp -r 目录 新位置

当然，在我们真实的分析场景下，掌握这些简单的命令是不够的，我们还需要掌握以下命令：

# 打印文件全部内容cat 文件名# 逐页打印文件内容less 文件名# 显示文件前n行内容head -n 文件名# 显示文件末尾n行内容tail -n 文件名# 编辑文件（Vim编辑器中还有很多指令，请大家查询）vi 文件名# 远程文件上传命令scp 本地文件 用户名@地址:上传位置例：scp (-r) /home/miso/1.txt sugar@111.111.1.11:/share/nas3/sugar/# 远程文件下载命令scp 用户名@地址:文件位置 本地下载位置例：scp (-r) sugar@111.111.1.11:/share/nas3/sugar/1.txt /home/miso/-r 指上传（下载）的为文件夹

除了这些基本命令外，掌握各种解压缩命令也是十分重要的。网上有很多整理，小编就不一一赘述了。

https://blog.csdn.net/liuyanfeier/article/details/62422315

最后，小编还想讲讲几个重要概念：

绝对路径：从根目录开始，依次将各级子目录的名字组合起来，形成的路径。例如：/share/nas3/miso/Software/

相对路径：路径的写法不是由根目录 / 写起的。例如，从/share/nas3/miso/Software/转到/share/nas3/miso/fastq/下时，我们可以输入命令"cd ../fastq"，“../fastq”就是相对路径的写法。

在我们写脚本或者执行命令时，不推荐使用相对路径，因为相对路径容易发生错误！谨记！

权限：Linux中，文件和目录都是有权限的。

如图所示，Linux的权限分为9种。分别由文件所有者、所在组、其他人三种身份及读（r）、写（w）、可执行（x）三种文件权限组成。

当我们想要把一个文件改为只允许自己修改的文件时，可以输入以下命令：

chmod 644 文件名

命令中的三个数字的位置分别对应：文件所有者、组、其他人。而数字的大小，则是权限的总和（读：4，写：2，可执行：1）。所以，我们的数字为6（4+2）、4、4。

我们在研究过程中，大部分的分析都是在高性能服务器上进行的，这就涉及到ssh登录及任务投递，具体的登录方式及投递命令，大家可以咨询自己的师兄师姐。

Linux是一个非常强大的系统，还有非常多的命令（如：awk、grep等）值得我们学习，小编这篇文章只是抛砖引玉，具体遇到的问题，还需要大家在日常研究中逐一解决！

参考资料：

《鸟哥的Linux私房菜：基础学习篇（第三版）》

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