前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已经都发出来了，这篇帖子系统整理一下流程，如何从RNA-seq的fastqc到最后的ASE table。
输入数据
- 后代的RNA-seq测序数据，fastqc.zip
- 亲本的参考基因组 .fa
流程
1.测序数据质控
测序质量分析 —— FastQC - 简书 (jianshu.com)
2.下载基因组数据，及gff格式转换
gff格式与gtf格式转换——gffread - 简书 (jianshu.com)
gff格式与gtf格式转换——NBISweden / AGAT - 简书 (jianshu.com)
3.序列比对
序列比对 —— Hisat2 - 简书 (jianshu.com)
4.变异检测
sam文件转换为bam文件——SAMtools - 简书 (jianshu.com)
SAMtools——bam文件排序 - 简书 (jianshu.com)
SAMtools——bam文件去重 - 简书 (jianshu.com)
picard——修改BAM文件的Read Group - 简书 (jianshu.com)
GATK4 —— Variant Calling （SNP+indel） - 简书 (jianshu.com)
5.提取SNP
GATK4——gVCF转VCF - 简书 (jianshu.com)
GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel - 简书 (jianshu.com)
VCF文件质控 —— VariantFiltration - 简书 (jianshu.com)
6.ASE计数
SAMtools——bam文件合并 - 简书 (jianshu.com)
ASE （等位基因特异性表达）—— ASEReadCounter - 简书 (jianshu.com)
7.ASE检验
GeneiASE —— ASE检验 - 简书 (jianshu.com)
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