A矩阵绘制亲缘关系聚类图

1、计算A矩阵

image.png

2、导入使用的包

一共有三个包：scipy、numpy和matplotlib

import scipy

import scipy.cluster.hierarchy as sch

from scipy.cluster.vq import vq,kmeans,whiten

import numpy as np

import matplotlib.pylab as plt

3、计算A矩阵的距离矩阵用于聚类

disMat = sch.distance.pdist(A,'euclidean')

Z=sch.linkage(disMat,method='average')

4、绘图

LA=df_total["id"]

LA=LA.tolist()

plt.figure(figsize=(30,8),dpi=80)

P=sch.dendrogram(Z,labels=LA)

plt.xticks([])

plt.yticks([])

plt.show()

image.png