除了基本常用的Linux包（其中大多数已经安装好了），专门的生信软件可以用
conda下载、管理。于是本次简单学习一下Linux如何安装软件程序。之后会整理下conda的使用技巧。
1、基础知识
- 各种主流Linux发行版都采用了某种的包管理系统（package management system，PMS）来控制软件和库的安装；
- Linux开发人员已将软件打包成易于安装的预编译包，供用户下载；
- 软件包存储在服务器上，可以利用本地Linux系统的PMS工具通过互联网访问，进行搜索、安装、更新软件。这些服务器称为仓库（repository）；
- 关于软件仓库，aptitude默认的软件仓库是安装Linux发行版时配置好的，储存在
/etc/apt/sources.list，很多情况下不需要增删。
2、基于Debian的PMS
- 比如Ubuntu、Linux Mint 发行版
-
dpkg命令是基于Debian系PMS工具的核心，在这个PMS里还有apt-get,apt-cache,aptitude； -
dpkg是软件包管理系统工具；aptitude是完整的软件包管理系统； - 最常用的命令行工具是
aptitude，因为它是apt工具与dpkg的前端。（其实没怎么明白......）
yum、urpm，zypper是基于Red Hat的发行版的PMS，这里就不过多介绍了，详见p171
3、管理软件包
（1）查看系统已安装软件包的概况
aptitude
（2）显示某个特定包的信息（无论是否安装，会有提示的）,以mysql-client为例
aptitude show mysql-client
（3）显示所有与某个软件包相关的文件（比如bin文件）,需要使用dpkg命令
dpkg -L vim-common
（4）逆向查找某个特定文件属于哪个软件包
dpkg --search /user/bin/xxd
4、软件包的“一生”
（1）先搜索有没有该包，以wine为例，会返回所有与wine或与wine相似名的包
aptitude search wine
- 关注一下返回结果的第一列字母：若为i 表已安装；若为p/v 表软件包可用，但未安装。
（2）安装，需要root用户权限才行
sudo aptitude install wine
- sudo命令允许暂时以root用户身份运行一个命令，当然是需要密码的。
（3）更新，由于包之间的依赖关系，最好一次全部更新。如下命令将所有已安装的包更新到软件仓库中的最新版本，利于系统稳定。
aptitude safe-upgrade
（4）卸载，需要root权限；有两种情况，还以wine为例
- 删除软件包和相关的数据与配置文件（斩草除根）
sudo aptitude purge wine
- 仅删除软件~
sudo aptitude remove wine
这次学习的内容比较简单，因为条件限制，无法演练；而且还跳过一章关于文件系统的学习内容，小白表示算了算了，哈哈~ 如果今后有需要，再回头学习下吧。
