Pfam 报错解决方法

Pfam作为常用蛋白质结构域筛选的软件之一，这里记录使用遇到的问题

一. 安装要点

1. 安装 PfamScan

① 解压即可，并将pfam_scan.pl 第一行设置为 环境 perl
vim pfam_scan.pl
将 #!/usr/bin/perl 改为—> #!/usr/bin/env perl

② 将 Pfam 模块加入到 PerlLib, 修改bash_profile
vim ~/.bash_profile
export PERL5LIB=/path/to/pfam_scanDir:$PERL5LIB

修改后执行
source ~/.bash_profile
笔者的如下：

image.png

2. 安装 hmmer3

下载 hmmer3 下载地址自行百度，解压阅读README.md并安装
如果安装不了，下载二进制版本百度自行搜索 hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64解压即可
导入环境变量
export PATH=~/tools/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/:$PATH

3. 下载Pfam库

下载 Pfam-A.hmm 并解压，并执行 hmmpress Pfam-A.hmm
同时下载 Pfam-A.hmm.dat 文件，将其与 Pfam-A.hmm 放在同一目录下，
然后调用 pfam_scan.pl，可以成功：

image.png

注意：

① 一般文件Pfam-A.hmm和Pfam-A.hmm.dat不在同一目录下，或者某文件丢失会出现如下报错：

image.png

② Pfam-A.hmm 数据库可以使用软连接

image.png