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项目地址:https://github.com/nt246/lcwgs-guide-tutorial
这个教程用到的数据是一种叫做Menidia menidia的小鱼(如下图所示), 内容涉及到数据处理(从fastq到bam文件)、Genotype和SNP calling(一时想不到怎么翻译成中文)、连锁不平衡分析、种群结构分析和自然选择分析的内容. 其实如果只是学习方法论的话, 什么数据都无所谓的啦~
Throughout this course, you will be working with data from the Atlantic silverside, Menidia menidia, a small estuarine fish.
把整个教程浏览完之后我的感觉是这个教程短小精悍, 内容看起来不多但是极其丰富.
比如说第一天教你从测序的fastq数据处理到bam文件, 也就是上游分析, 这个过程中提供了大量的shell脚本的写法, 是很好的学习用shell脚本来处理生物信息学数据的范例.
还有一个很有意思的发现: 这个教程里用于SNP calling的软件既不是主流认为的金标准软件GATK或者是samtools+bcftools的流程, 而是一个没怎么听说过的ANGSD(Analysis of Next Generation Sequencing Data, 文章链接: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-014-0356-4)
奇怪的知识增加了~
后面的内容还没怎么看, 就留给感兴趣的各位自行发掘吧~
咱们下期再见~
