R语言包安装的几种方式
-
从CRAN（Comprehensive R Archive Network）中安装，例如安装ggplot2包
install.package("ggplot2")这里默认安装的是CRAN仓库中最新版本的包，如果要安装指定版本的，则需要用remotes包中的install_version函数来安装，如果不清楚某个R包有哪些版本，可直接去CRAN中查询
remotes::install_version("ggplot2",version="1.0.1") -
从GitHub中安装，许多R包托管在GitHub中，可以使用devtools中的install_github()函数安装，例如安装ArchR包
devtools::install_github("GreenleafLab/ArchR",ref="master",repos=BiocManager::repositories()) devtools::install_github("GreenleafLab/ArchR", ref="dev", repos = BiocManager::repositories()) #这里，由于ArchR的GitHub仓库中包含多条分支，因此用ref="master"或者ref="ref"来指定branch -
其他仓库，例如生信分析常用到的Bioconductor，可使用BiocManager::install()来进行安装，例如安装DESeq2包
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") -
本地安装
有时由于网络问题或者其他别的问题，也可以自行将R包的压缩文件下载后，从本地安装
例如从ArchR的github仓库中下载ArchR-master.zip文件到本地，然后利用install.package进行安装
install.package("~/software/ArchR/ArchR-master.zip",repo=NULL,type="source") -
利用conda安装
有时在R中安装会遇到很多环境依赖问题，无法直接解决，此时选择用conda来安装R包也是一个明智之举，例如用conda安装ggplot2
conda install conda-forge::r-ggplot2 -
自行修改R包源码，并重新打包安装
有时在使用已发表的R包的过程中，遇到报错后，自行修改源代码即可，此时，需要将原始R包下载到本地，解压缩后更改其中的内容，例如向包中添加函数或者修改某个函数，然后再重新打包。这里以向Socrates包中添加新函数为例。
首先从Socrates的github仓库中下载Socrates-main.zip，解压缩后获得以下内容：
image-20240308204520340.png
其中最重要的内容就是R目录和DESCRIPTION
R目录中包含该包中所有的函数
而DESCRIPTION则是对该包的一些元数据的描述
这里，我们修改Socrates包中的函数，然后将其再次打包
library(devtools)
create("./Socrates.test")#创建新R包的路径
setwd("./Socrates.test")
#将原本Socrate-man中的DESCRIPTION和R目录都复制到Socrates.test下，将DESCRIPTION中的包名改成Socrates.test
load_all()#将所有函数加载进来进行测试
document()#生成man文件夹
build()#打包
install.packages("./Socrates.test/",repo=NULL,type="source")#从本地安装
