TCGA数据分析(1)

对TCGA数据分析之前已经介绍过一次,这里把之前的内容整理下。TCGA分析大致可分为以下:
1.数据检索与下载
2.metadata.json文件解读
3.对数据进行分组
4. R语言差异表达分析
5. 可视化分析

windows平台TCGA数据的下载

在windows下进行TCGA数据下载,需要使用官方的一个程序:gdc-client.exe,以及manifest.txt文件,文末会提供下载链接,利用windows shell进行下载。比如当前目录下有gdc-client.ext,以及manifest.txt文件,那么就可以这样下载数据

当前目录下的文件

C:\Users\dongl\Desktop\various\gdc_tools> dir
 驱动器 C 中的卷是 Windows
 卷的序列号是 30C8-61C9
 C:\Users\dongl\Desktop\various\gdc_tools 的目录
2019/04/21  18:08    <DIR>          .
2017/08/14  11:04        16,576,583 gdc-client.exe
2018/10/09  11:24           818,112 metadata.json

在当前目录下输入:gdc-client.exe download -m gdc_manifest.txt,自动下载数据默认至当前文件夹下,每个样本的数据都是独立的文件夹

C:\Users\dongl\Desktop\various\gdc_tools> gdc-client.exe download -m gdc_manifest.txt
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