原本计划这一篇介绍基础命令的，然后我们微课学院之前已经有相关录制好的视频，而且网上的相关文章多不胜数，因此也就不在卖弄了，简单交流一下 Linux 入门过程中的几个拦路虎，具体命令等在后文具体与到时候在详细讲解！
2. Linux 基础知识
基因帮微课学院第一期的时候曾经录制过 Linux 基础入门的视频，点击连接查看： Linux基本操作 。
Linux 系统中有这么一说：一切皆文件。
我们学习 Linux 的时候要把这句话刻在骨子里，这是 Linux 最基本的哲学。直白的讲就是，我们可以把 Linux 系统中所有的配置，软件甚至硬件都可当作文件对待，是可查看，可修改的。
基础入门我们主要把习惯认知上的几个拦路虎扫除。更详细的知识与信息则需要读者各位花大量的时间学习练习！
首先是分区与路径的认知差别，windows 系统在国内太普及了，所多人最开始接触的也是简单易用好上手的 windows 操作系统，所以在系统文件或者文件路径的描述上是有比较大的区别： 在 windows 上我们一般习惯性的将硬盘分为 C/D/E 盘，每个分区会有特定的盘符，而分区的名称并不是那么重要；而在 linux 操作系统下，目录系统是一个树形结构类似于下图：
纯手绘请勿喷！
整个硬盘就是一个根目录,一般用
/ 表示，在根目录的基础上又有一些其他目录，比如我们放置配置文件的 /etc 目录，存放 第三方软件的 /opt 目录，存放二进制程序的 /bin 目录，以及存放个人文件的 /home 目录，等等。这个时候我们的分区就会以一个目录的形式存在（将分区挂载在指定目录下）。
其次，关于文件路径的问题也是比较有意思的一块，因为好多人从 windows 迁移到 linux 下后就傻了。上一个问题我们了解了分区问题，这个问题我们了解一下未分区下的文件及文件夹。比如在 D 盘下，我们有一个工作目录: "WorkSpace",这个目录下又有一个叫 “Scripts” 的文件夹，里面存放了我们使用的一些脚本程序。windows 下表示方式为： D:\WorkSpace\Scripts. 而同样的在 linux 系统下我们在 /home 目录下也存在一个 WorkSpace 的工作目录，里面也有一个我们存放脚本程序的文件夹 Scripts， 我们就会这样表示： /home/WorkSpace/Scripts。我们可以将 /home 理解为 D:\ 其他的直观的区别就是 / 还是 \。 （撇 是斜杠，捺 是反斜杠。linux 是斜杠青年， windows 是反斜杠青年。哈哈~~~）
然后是字符编码的问题，好多同学都有这么一傻：windows 下写好的文档在 linux 系统下打开就成为了乱码，顿时就有点心浮气躁，手忙脚乱了。其实这主要是字符编码问题搞得鬼，windows 下中文一般默认的是 GB2312 的编码类型，而在 linux 下一般默认为 UTF-8 编码类型，因此当出现乱码的时候不要急手动调整一下编码类型可能就柳暗花明又一村了！当然为了避免这种麻烦的问题出现， 一般推荐保存文本的时候直接选择 UTF-8 编码模式。
最后是关于命令行的问题，在 winowds 操作系统下，我们习惯拿鼠标 点点点，哪里不服点哪里~ 但在 linux 系统下，想要跟有效率的工作就需要熟练使用 命令行。关于命令的详细讲解，推荐一个网站： Linux 命令大全 自行查阅练习！
先做一个简单的梳理，生物信息学分析过程中，我们主要都是针对文件以及目录（文件夹）进行操作的。主要涉及到了以下的命令：
ls 查看 目录下的文件
cd 切换 目录
cat 查看 文件内容（针对小文件）
less 查看 文件内容（针对大文件）
more 查看 文件内容
touch 创建 文件
mkdir 创建 文件夹
rm 删除 文件或者文件夹
rmdir 删除 文件夹
cp 复制 文件/文件夹
mv 重命名/移动 文件/文件夹
chmod 改变文件/文件夹权限
今天主要学习 ls 命令.
ls 命令主要是用来列出 文件目录的，即列出指定的文件夹下或者当前文件夹下的目录列表，使用频率相当高。
查看 ls的主要用法可以使用命令： man ls
显示如下：
这是 ls 的帮助说明文档，显示了 ls 的详细参数说明。
具体用法实例详见网页 ls 详解,不做赘述免得有抄袭别人的嫌疑！
其他命令的学习也可以用一样的学习模式学习了解。
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