进化树美化利器iTOL

    科研狗对美的追求是永无止境的。为了一张好看的实验结果图,那是赴汤蹈火,在所不惜。下面就跟大家介绍一个美化进化树的利器——iTOl。本文主要向大家展示一下iTOL数据集注释模板(类似配备文件,脚本,导入即出图)的强大功能。

     如何使用iTOL可以百度搜索,可以找到许多相关文章。在下直接上iTOL强大的数据集注释模板功能。

     在iTOL的help-Annotating trees可以下载相关的数据集模板(如下图,下载模板中也有相应的树文件,可以一一使用,来了解其功能)。

ITOL注释文件(建议用Notepad++对模板进行修改) 主要由三部分组成,一是每个注释文件开头的关键词;二是列之间的分隔符类型(COMMA为逗号分隔,TAB为TAB键分隔,SPACE为空格分隔);三为以DATA开头的数据。 注释文件开头的关键词主要有以下:

 a. TREE_COLORS:对树枝上色,分

clade,

branch,

label,

range,


 b. LABELS 可以对标签重命名,也可以对branch进行命名(branch用ID的表示方法为ID1|ID2)。

 c. POPUP_INFO 为鼠标移动到相应位置会弹出指定信息,对文章作图较不重要。

d. DATA_ALIGNMENT 序列比对结果附在树旁(详细参数见模板)


e. DATASET_BINARY 具体作用不明,结果如下:


 f. DATA_BOXPOLT 为进化树与箱线图。该图需要的数据为(five number summary: minimum, first quartile, median, third quartile, and maximum和所有极值)。


 g. DATASET_COLORSTRIP 可以对分支颜色(加COLOR_BRANCHES 1参数)和label外围上色条。效果如下:


 h. DATASET_CONNECTION 数据格式:#NODE1,NODE2,WIDTH,COLOR,LABEL,效果如下:


                                                                 (CURVE_ANGLE 45参数)


                                                                   (参数:CENTER_CURVES 1)

i. DATASET_DOMAINS 效果如图:


 j. DATASET_EXTERNALSHAPE (作用不明)


k. DATASET_GRADIENT


l. DATASET_HEATMAP


m. DATASET_IMAGE 附任何你想附的照片。

n. DATASET_LINECHART 附线图


o. DATASET_MULTIBAR 条形图

p. DATASET_PIECHART 派图


小贴士:在画一个大的进化树时,尽量将字体等各项参数调小,最后出图会更清晰。

有时,存pdf时,会与存svg的图像效果不一致,目前没有很好的解决办法(不是办法的办法,不同电脑出图效果不同,找到你想要的图来保存),路过大侠,敢情路见不平,一声吼,不胜感激。

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