写在前面
「卡通热图」可以非常直观地显示基因在不同组织、不同时期或不同处理下的表达水平变化,尤其是展示基因的组织偏好表达情况。早年,要绘制「卡通热图」,需要使用「eFP Broswer」,其本身是一个 Web 框架。三五年前,「TBtools」基于自研绘图引擎JIGplot,推出了「eFP Graph」功能,用户只需要简单准备具体图稿,TGA 格式 或者 SVG 格式即可绘制自己的图稿。
看看一些用户作品
不时,我们会收到一些关于 eFP Graph 图稿准备的问题,有些人是不知道如何绘制?有些则是绘制后进行具体热图可视化时遇到报错不好解决。想来想去,我们想趁着暑期,召集大伙一起做点对自己课题组有用的事情。
具体事宜
- 建群:我们组建一个小社群
- 进群:有计划自己动手,绘制课题组用得上的卡通热图的进群
- 干活:大伙开始绘制(注意只绘制自己课题组需要的材料的卡通热图,简单来说,为自己做事情)
- 讨论:社群讨论,解决问题
- 完工:每个人获得自己用得上的卡通热图模板
- 扩展:「伏笔,参与并结束时告知」
整体周期是「一个月」,也就是我们计划在「2022年09月01日」前结束统一讨论工作,后续加入的朋友可能无法及时得到回复。
参与要求
- 研究方向主要为植物,园艺更好,因为我们熟悉
- 研究的物种至少有5个组织/器官以上的基因表达矩阵(转录组数据,如果自己测序,那么其实成本最低2,500,不过不建议临阵磨枪)
- 这一个月有时间,一般完成一张图,新手入门不用一个星期....
- 实名参与,如有必要,请先获得导师准予加入
写在最后
相关想法在几个月前基本成型,最后结果如何,暂时不会知悉。不过我想有些事情,现在不做,以后也就不会做了。先干再说。